私のサンプルには5つのグループコードがあります（サンプル名/種/などとして機能しますが、繰り返します）。
したがって、ヘルプが素晴らしいという2つの問題があります。
(サンプル番号の代わりに) リーフ ラベルにグループ コードを表示するにはどうすればよいですか?
各コード グループに色を割り当て、それに応じてリーフ ラベルに色を付けたいと思います (それらが同じクレードに属さず、それによって詳細情報を見つけることができる場合があります)。
私のスクリプトでそうすることは可能ですか (ape または ggdendro):
sample<-read.table("C:/.../DOutput.txt", header=F, sep="")
groupCodes <- sample[,1]
sample2<-sample[,2:100]
d <- dist(sample2, method = "euclidean")
fit <- hclust(d, method="ward")
plot(as.phylo(fit), type="fan")
ggdendrogram(fit, theme_dendro=FALSE)
read.table を置き換えるランダムなデータフレーム:
sample = data.frame(matrix(floor(abs(rnorm(20000)*100)),ncol=200))
groupCodes <- c(rep("A",25), rep("B",25), rep("C",25), rep("D",25)) # fixed error
sample2 <- data.frame(cbind(groupCodes), sample)