問題タブ [dendextend]

2 つのデンドログラムがあり、それらがどの程度「似ている」かを調べるために比較したいと考えています。しかし、私はそうする方法を知りません（Rでそれを実装するコードは言うまでもありません）。

リードはありますか？

更新(2014-09-13):

この質問をして以来、デンドログラムの視覚化、操作、および比較のために、 dendextendという R パッケージを作成しました。このパッケージはCRANにあり、詳細なビネットが付属しています。、、/などの関数が含まれます。2 つのツリーを視覚的に比較するための関数と同様。cor_copheneticcor_bakers_gammaBkBk_plottanglegram

hclustオブジェクトのプロットから生成された樹状図の葉のプロパティを変更したいと思います。最低限、色を変えたいのですが、ご協力いただければ幸いです。

私は答えをグーグルで検索しようとしましたが、私が見たすべての解決策は、私が推測したものよりもかなり難しいようでした。

次のコードを使用して、デンドログラムを特定の高さでカットしました。問題は、デンドログラムをカットするときに、ノードにラベルを追加する方法がわからないことです。ラベル付きのデンドログラムをカットするにはどうすればよいですかRプログラムを使用していますか？

以下に示すように、色付きの枝を持つ樹形図をRで作成したいと思います。

これまでのところ、次のコマンドを使用して標準のデンドログラムを作成しました。

目的の結果を得るには、このコードをどのように変更すればよいですか?

よろしくお願いします。

私のサンプルには5つのグループコードがあります（サンプル名/種/などとして機能しますが、繰り返します）。

したがって、ヘルプが素晴らしいという2つの問題があります。

• (サンプル番号の代わりに) リーフ ラベルにグループ コードを表示するにはどうすればよいですか?

• 各コード グループに色を割り当て、それに応じてリーフ ラベルに色を付けたいと思います (それらが同じクレードに属さず、それによって詳細情報を見つけることができる場合があります)。

私のスクリプトでそうすることは可能ですか (ape または ggdendro):

read.table を置き換えるランダムなデータフレーム:

Didzis Elferts は、ggplot2 と ggdendro を使用してデンドグラムをプロットする方法を示しました。

ラベル付きのRの水平デンドログラム

コードは次のとおりです。

さまざまなクラスターに色を付ける方法を知っている人はいますか? たとえば、2 つのクラスター (k=2) を色付けしたいですか?

Rクラスターを識別する長方形を使用して、階層的クラスタリングの結果をデンドログラムとしてプロットしようとしています。

次のコードは、垂直樹状図のトリックを実行しますが、水平樹状図 ( horiz=TRUE) の場合、長方形は描画されません。水平デンドログラムでも同じことを行う方法はありますか。

さらに、希望の距離値で木を切るための線をプロットしたいと思います。Rでそれをプロットする方法.cutree関数はクラスターを返しますが、それをプロットすることも可能です.

私が探している望ましい出力はこのようなものです。

Rでこれを行うにはどうすればよいですか?

Matlab では、dendrogram関数の一部としてプロットする樹状図のノード数を指定できますdendrogram(tree,P)。P リーフ ノード以下の樹状図プロットを生成します。

Rで同じことをしようとした私の試みは、heatmap2惨めに失敗しました。stackoverflow と biostars への投稿では、使用cutreeが提案されていますが、オプションheatmap2に関する投稿の提案に固執していRowvます。ここで、"TAD" は 8 列 x 831 行のデータ マトリックスです。

次のメッセージを返します。

cutree制限されたデンドログラムをプロットするために探索する正しい道を使用していますか? これをmatlabに似た簡単な方法はありますか?

R で hclust 関数を使用して階層的クラスタリングを実行する場合。最終的な合流の高さはどうやってわかりますか?

したがって、いくつかのRのデフォルトデータで明確にするために：

すべてのクラスタリング情報を含む変数 hc になります。

そしてデンドログラム：

樹状図でわかるように、最終的なマージは高さ > 200 (約 300) で発生します。しかし、デンドログラムはどのように知っているのでしょうか? この情報は hc.height 変数にも dendrogram1 変数にもありません。言及された最高のマージは169です。

dendrogram1 変数にこの情報が含まれていない場合、プロット関数は、300 の高さでマージが発生する必要があることをどのように認識しますか?

他のアプリケーションでこの数 (+- 300) が必要であり、プロットからそれを読み取るのはまったく非現実的であるため、私はこれを求めています。

喜んで助けてくれる人に前もって感謝します！

私が作成した樹状図から

私はサブブランチを選びました

単純に k を表示すると、次のようになります。

たとえば、「midpoint」属性や 2 番目の「label」属性にアクセスするにはどうすればよいですか?

（ここで正しい用語を使用したいと思います）

私は次のようなことを試しました

しかし、どちらも「NULL」を返しました。

質問番号 2 で申し訳ありません: 属性「中間点」の後に「ラベル」属性を追加するにはどうすればよいですか?