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入力 FASTA ファイルなしでClustalW2を実行するにはどうすればよいですか?

コマンドにパイプを追加できますか? 現在、Biopython Tutorial and Cookbookのセクション 6.2.1に従っています。

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Biopython の使用について

clustalラッパーを使用することを想定していますClustalwCommandLine。ラッパーとしての機能は、インスタンスから適切なコマンド ライン呼び出しを作成することです。

多くの場合、コマンドラインツールを直接使用して作業する方が簡単だと思いますsubprocess(したがって、Biopython を完全にスキップします)。

stdin in clustalw2

ドキュメントclustalw2を参照すると、からデータを渡す方法がわかりませんstdin：

        DATA (sequences)

-INFILE=file.ext                             :input sequences.
-PROFILE1=file.ext  and  -PROFILE2=file.ext  :profiles (old alignment).

stdin in clustalo

ただし、Clustal Omega へのアップグレードがオプションである場合は、から入力を取得することを示すために をClustal Omega documentation渡すことができることがわかります。-stdin

SEQUENCE INPUT:

-i, --in, --infile={<file>,-}
    Multiple sequence input file (- for stdin)

参照用に文字列を渡す方法を参照してください。subprocess.Popen

from subprocess import Popen, PIPE, STDOUT


proc = Popen(['clustalwo', '-', <...>], stdout=PIPE, stdin=PIPE, stderr=STDOUT)
stdout = p.communicate(input='> Seq one\nATCGCTACGCACTACGTACG...')
于 2013-09-17T23:35:39.863 に答える