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parsing - Clustal を使用して各行から 50 シーケンスを出力します
複数配列アラインメント (Clustal) ファイルがあり、このファイルを読み込んで、順序がより明確で正確に見えるように配列を配置したいと考えています。
オブジェクトを使用してBiopythonからこれを行っていAlignIOます：
私の出力は、乱雑で長いスクロールに見えます。私がやりたいことは、各行に 50 シーケンスのみを出力し、アライメント ファイルの最後まで続けることです。
http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/から、このような出力が必要です。
python - FASTA ファイルを入力せずに clustalw2 を実行する
入力 FASTA ファイルなしでClustalW2を実行するにはどうすればよいですか?
コマンドにパイプを追加できますか? 現在、Biopython Tutorial and Cookbookのセクション 6.2.1に従っています。
python - BioPython、クラスタアラインメントのために .fasta から .aln に変換する方法は?
私は .aln に変換したい .fasta ファイルを持っているので、それを alignIO.read コマンドと整列させるか、何らかの形で fasta ファイルに "Clustal Headers" を与えることができます。既知の clustal ヘッダーは、それを行うための "ClustalwCommandline" リターンです。チュートリアルでは、そのリターンを cline に割り当て、cline を出力するだけで、cline をどうするかわからないためです。
EDIT：-また、.dndファイルを出力することになっていますが、方法もわかりません
algorithm - Bioperl プログラム実行エラー
私は bioperl をインストールしましたが、それを入手する場所と bioperl プログラムを実行する場所を混乱させました。アライメント。
エラーが発生しました
@INC で Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.pm が見つかりません (@INC には次が含まれます: /etc/perl /usr/local/lib/perl/5.14.2 /usr/local/share/perl/5.14. 2 /usr/lib/perl5 /usr/share/perl5 /usr/lib/perl/5.14 /usr/share/perl/5.14 /usr/local/lib/site_perl .) msa.pl 行 3. BEGIN に失敗しました-- msa.pl 行 3 でコンパイルが中止されました。
python-2.7 - Biopython Phylo で端末の名前が None に変更される
私は Biopython を使用していくつかのアミノ酸配列を Clustal-Omega と整列させ、生成されたツリーをインポートしています。
したがって、インポートされたツリーには、None という名前のリーフ/ターミナルがいくつかあり、同等の数の名前付きリーフがありません。
ツリーのファイル (clustalo によってフォーマットされたもの) を調べてみたところ、名前が変更されている遺伝子の後に常に -0 があることに気付きました。
-0 は何を意味し、これを修正してすべての端末に名前を付けるにはどうすればよいですか?
補足として、fasta ファイルに DNA シーケンスを入力してアラインし、そのツリーをインポートすると、問題が発生していないようです。
perl - Bioperl を介して Clustalw を実行できません
以下のスクリプトを実行しようとしています。しかし、私はエラーが発生します:
------------- 例外 ------------- MSG: clustalw の実行可能ファイルが見つかりません。path="clustalw.exe" STACK Bio::Tools::Run::WrapperBase::executable C:/Perl64/site/lib/Bio/Tools/Run/ WrapperBase.pm:340 STACK Bio::Tools::Run: :Alignment::Clustalw::_run C:/Perl64/site/lib/Bio/Tools/Run n/Alignment/Clustalw.pm:752 STACK Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw::align C: /Perl64/site/lib/Bio/Tools/R un/Alignment/Clustalw.pm:515 STACK トップレベル a.pl:29
perl に私の を見つけさせる方法はclustalw.exe?
最初に環境変数を設定することで、すでにそれを行っていると思います$ENV{CLUSTALDIR}。