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私は約 2600 以上のゲノムを扱っており、さまざまなグループのゲノム、遺伝子、および遺伝子間の特徴を研究したいと考えています。代表者が非常に少ない分類群の場合、問題はありません。複数のゲノムを持つ分類学的グループの場合、各分類学的グループからほんの数人の代表者を得るために、どのような基準で同様のゲノムを削除する必要がありますか? 長さ、GC%、またはその他の機能を使用してゲノムを削除する必要があります。たとえば、2 つのゲノムの GC% 変動が 1% 未満の場合、それを削除する必要があります。そんな感じ。受け入れられる方法を提案し、その理由も親切に説明してください。

Example:
I have around 60 genomes of Mycobacterium sps
More than 20 are of M. tuberculosis alone which have
GC% range of 65.48 to 65.7 and
Length range of 4.27 to 4.41 MB

このような場合、類似のゲノムをスクリーニングして削除するにはどうすればよいですか?

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最初に系統樹を構築してから、クレード/グループ/クラスターごとに (多かれ少なかれ任意に定義された) 1 つまたは複数のゲノムを選択できます。

あなたの場合、これらのゲノム/種は非常に密接に関連しているため、ツリーを構築するために単一のマーカー遺伝子を使用することはお勧めしません。すべてのコア遺伝子セットを連結してみてください。

于 2013-10-03T17:25:13.160 に答える