問題タブ [genome]

私の前の質問は私の経験不足を信じており、仮定に基づいていました。今、私ははるかに賢いです。（1と0を文字列に入れますか？Pah！提案を笑います！）

私の質問は、ゲノムをどのようにエンコードする必要があるかということです。

紙の上では、次のようになります。

テストするパラメーターを（場合によっては単独で、場合によってはグループとして）エンコードする17ビット。

要件は次のとおりです。

1. スケーラブルである必要があります。現在17ある可能性がありますが、オプションが追加、削除、または範囲が変更されると、これは拡大/縮小する可能性があります。
2. スポット変異を表すには、各ビットを個別に反転可能にする必要があります。
3. 理想的には、2つのゲノムの最後のX％を取得し、それらを切り替えるのは簡単である必要があります（クロスオーバーを表します）。
4. ゲノムを平文で表現する簡単な方法が必要です。ここでは、人間の翻訳可能性よりも利便性に重点が置かれています。（URL短縮サービスを考えてください。）

誰か素晴らしいアイデアがありますか？（便利な場合は、C＃を使用しています。）

perlのBio::GraphicsのようなGBrowseへのPythonインターフェースはありますか？それ以外の場合、ビューのようなゲノムブラウザを作成するために利用できるPythonモジュールはありますか？

アクセスできる API またはデータベースはありますか、それとも独自のプロジェクトですか?

AI において、ゲノムをシミュレーションに実装する方法の単純な、および/または非常に視覚的な例はありますか?

基本的に、私は簡単なウォークスルー（チュートリアルではなく、要約的な性質のもの）を求めています。これは、合計で「個体」の特性を変更するゲノムを実装する方法を詳しく説明しています。

これらの遺伝子は次のようなものではありません。

• 質量
• 力
• 長さ、
• 等..

しかし、むしろそれらは、シミュレーションの住民の実際の特性からゲノムを抽象化して、上記のものを定義するものであるべきです.

私は自分が何を望んでいるのかを十分に明確にしていますか?

とにかく、あなたが試した方法がより良く、これらの性的な水泳選手のような形で進化を実装する方法があれば、ぜひ投稿してください! 楽しいインスピレーションがあればあるほど良いです:)

私の質問を見ていただきありがとうございます。私はこの宿題の問題を解こうとしています。

ランダム読み取りによるゲノム配列決定の問題を考えてみましょう。G が配列全体の長さ、L が読み取りの長さ、n が読み取りの数である場合、カバレッジは nL/G として定義されます。では、元の長いシーケンスの 50% を少なくとも 1 つのフラグメントでカバーしたい場合、どのくらいのカバー率が必要でしょうか?

Lander-Waterman http://www.genetics.wustl.edu/bio5488/lecture_notes_2005/Lander.htmモデルを読んで概念を理解しました。しかし、この問題を解決する方法がよくわかりませんでした。与えられた 50% を確率と見なし、y を 1 (ポアソン分布からのもの) と見なし、ラムダ (つまりカバレッジ) を計算すると考えました。しかし、私は正しい軌道に乗っているとは思いません。元の長いシーケンスの 50% が少なくとも 1 つのフラグメントでカバーされるという質問があるため、y を 1 と見なすことにしました。これは、これらの塩基が少なくとも 1 回配列決定されることを意味します。

私は間違っているかもしれません。

専門家の方、ご案内いただけますでしょうか。

ありがとうございました。

これが php のあいまいな使い方であることは承知していますが、興味深い方法でヒトゲノムをナビゲートするアイデアに取り組んでいます。

問題は、自由に利用できるデータを解析するための php スクリプトを作成できるかどうかを知る必要があることです。これを行うためのphpスクリプトはありますか？

私がやりたいことは、GenBank レコードのすべての非推定シーケンスをゲノム ファイルで小文字にすることです。

これまでのところ、gbk 内のタンパク質の開始位置と終了位置を取得することができました。そこから、次のことを行います。

これで、ゲノム内の配列の開始位置と終了位置がわかりました。しかし、ゲノムファイルをどのように変更すればよいのでしょうか? gb_record.seq[start:end].lower()または同様の何かがうまくいきませんでした。

を割り当てるgb_record.seq = gb_record.seq[start:end].lowerと、ゲノムファイルを置き換えるので、明らかにうまくいきません。何か案は？

マイクロアレイ実験によって生成された遺伝子発現データをダウンロードしたかったのです。私はこの主題についてあまり知りませんが、私が理解しているように、行は遺伝子に対応し、列はサンプルに対応することがよくあります。理想的には、遺伝子発現データのマトリックスを期待しています。

インターネットで調べてみると、データをダウンロードできるところが多いように思えますが、実際にダウンロードしてみると、遺伝子発現のマトリックスが出てきません。上記の形式で遺伝子発現データをダウンロードする場所または方法があれば、誰か教えてください。

どんな助けでも大歓迎です。

次のような文字列があります：abcgdfabc

次のようにしたい: 入力: 文字列、例:

出力: 辞書 (キーは「単語」、値は表示される時間)、

words は "words" の最大長です。貪欲に一致する必要があります。

私はそれに多くの時間を費やしましたが、理解できません。文字列は 5000 を超えています。これはゲノムです。その関係を調べたいのですが、データをより明確にするためにそのような辞書を初めて見つけなければならないときは、助けてください。

比較的単純なプロット ( http://www.ats.ucla.edu/stat/sas/code/timeline.gifなどのタイムラインを連想させる) を作成したいと思いますが、x 軸の時間の代わりに、それはゲノムの塩基位置になります。「タイムスパン」は、DNA 配列の足場のカバレッジ距離であり、ゲノム内のどこに位置するか、それらが重複する場所、およびカバレッジのない場所のスパンを示します。これは私が探しているものの粗いモックアップで、rRNA のコンティグ カバレッジを示しています (省略しましたが、開始と終了の位置を示す x 軸と、コンティグのラベル付け (色付きの線) が必要です): http://i.imgur.com/MDABx.png、次の座標:

おそらくggplot2を使用して、Rでこれを実行できると確信していますが、何らかの理由でそれを理解できません。