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いくつかの人間の一塩基多型 (SNP) から始めて、既知のすべての SNPS のデータベースにクエリを実行して、1000 程度の最も近い SNPS のリスト (data.table または csv ファイル) を生成する方法を教えてください。 tagSNP、およびマイナー アレル頻度 (MAF) とは何か、開始 SNPS から何塩基離れているか?

私はこれをRで行うことを好みます（そうである必要はありませんが）。どのデータベースを使用すればよいですか? 私の唯一の出発点は、最初のsnps（例： rs3091244 、 rs6311 など）をリストすることです。

私の出発点となる素敵でシンプルなBioconductorパッケージがあると確信しています。しかし、何？やったことがありますか？3 ～ 5 行のコードで実行できると思います。

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繰り返しますが、これはトピックから外れていますが、実際には、このWebベースのツールを介して、言及したすべてのことをBROADから実行できます。

http://www.broadinstitute.org/mpg/snap/ldsearch.php

snp を入力するだけで、snps の周囲のウィンドウが表示され、csv にエクスポートすることもできます。

あなたの遺伝学プロジェクトで頑張ってください！

于 2013-10-09T15:00:46.790 に答える