cluster-computing - 量子および分子動力学パッケージと待ち行列システム

Question

QuantumおよびMolecularDynamicsパッケージの広範なリストから、キューイングシステムPBSおよびSunGridEngineで動作するクラスターに簡単に「相互接続」できるものはどれですか。

それとも、PBSまたはSGEの方法ですべてのジョブを「パック」できるプログラムまたは方法がありますか？

ありがとう

Answer 1

リストにあるパッケージの多くが、PBS、SGE、またはその両方のクラスターで簡単に実行できない場合は、非常に驚​​きます。最も単純なのはバッチジョブマネージャーであるため、選択したプログラムを実行するためのコマンドラインを記述できる場合は、送信用のジョブスクリプトを記述できます。SGEを使用すると、PBSにあまり詳しくないので、クラスター上でインタラクティブなジョブを実行することもできます。

PBSとSGEでパッケージの並列バージョンを実行する方法について知りたいと思うかもしれません。繰り返しますが、（a）パッケージが並列化されており、（b）クラスターに適切な並列化システムが構成されている場合は非常に簡単です。

特定のパッケージについてさらに具体的な質問がある場合は、もう一度投稿してみてください。ただし、パッケージのプロデューサーまたはそのWebサイトは、SOよりも開始するのに適していると思います。