私はRに比較的慣れていないので、他のソフトウェアを使用する必要がないように、Rで調整手法を実行する方法を理解しようとしています。種の代わりに環境要因を使用して PCA を取得しようとしています。質的に (土地利用の点で) 異なるサイトがあるので、最終的なプロットでその違いを (異なる色で) 表示できるようにしたかったのです。したがって、私はパッケージビーガンでギャビンシンプソンの方法を使用しました. ここまでは順調ですね。そのために使用したコードも次のとおりです。
with(fish, status)
scl <- -1 ## scaling = -1
colvec <- c("red2", "mediumblue")
plot(pond.pca, type = "n", scaling = scl)
with(fish, points(pond.pca, display = "sites", col = colvec[status], scaling = scl, pch = 21, bg = colvec[status]))
head(with(fish, colvec[status]))
text(pond.pca, display = "species", scaling = scl, cex = 0.8, col = "darkcyan")
with(fish, legend("topright", legend = levels(status), bty = "n", col = colvec, pch = 21, pt.bg = colvec))
環境変数の矢印を配置プロットに配置しようとすると、問題が発生します。biplot や ordiplot などの他の関数を使用すると、2 つのタイプのサイトで異なる色を維持することができないため、それらを使用したくありません。ここでコマンドを使用すると：
plot(envfit(pond.pca, PondEnv38, scaling=-1), add=TRUE, col="black")
素敵な矢印が表示されますが、前のコードで指定した環境変数 (5 行目) とは一致していません (場合によっては完全に反対です)。スケーリングを変更しようとしましたが、整列できません。
誰もその問題に対処する方法を知っていますか?
どんなヒントも役に立ちます。