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012 コード化された SNP を列とし、人を行とするマトリックス「マット」があります。例えば：

> mat<-matrix(c("0","1","0","1","2","0","1","1","2"),3,byrow=T)
> rownames(mat)<-c("ID1","ID2","ID3")
> colnames(mat)<-c("rs123","rs333","rs9000")

> mat

    rs123 rs333 rs9000
ID1    "0"   "1"   "0"   
ID2    "1"   "2"   "0"   
ID3    "1"   "1"   "2"

別のマトリックス「mat2」では、それぞれの対立遺伝子を 2 つの列 (すなわち、マイナー対立遺伝子とメジャー対立遺伝子) に、SNP を行として示しています。

> mat2<-matrix(c("A","T","C","T","T","G"),3,byrow=T)
> rownames(mat2)<-c("rs123","rs333","rs9000")
> colnames(mat2)<-c("Allele_A","Allele_B")

> mat2

         Allele_A Allele_B
 rs123        "A"      "T"     
 rs333        "C"      "T"     
rs9000        "T"      "G"

ここで、最初のマトリックスから 012 でコード化された SNP を 2 列に再コード化します。コードが 0 の場合は新しい列の両方でそれぞれの対立遺伝子 A になり、コードが 1 の場合は A/B になり、2 の場合は B/B になります。 . 私の例では、次のものを取得したいと思います。

> mat3<-matrix(c("A","C","T","A","T","T","A","T","T","T","T","T","A","C","G","T","T","G" ),3,byrow=T)
> rownames(mat3)<-c("ID1","ID2","ID3")
> colnames(mat3)<-c("rs123_1","rs333_1","rs9000_1","rs123_2","rs333_2","rs9000_2")

> mat3

     rs123_1 rs333_1 rs9000_1 rs123_2 rs333_2 rs9000_2
ID1       "A"     "C"     "T"      "A"     "T"     "T"     
ID2       "A"     "T"     "T"      "T"     "T"     "T"     
ID3       "A"     "C"     "G"      "T"     "T"     "G"

それを達成するのを手伝ってもらえますか? 前もって感謝します！

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stack、switch、およびを使用した基本的な R の方法を次に示しunstackます。

s.mat <- stack(data.frame(mat))
left.allele.choice <- function(x) switch(x, "0"=1, "1"=1, "2"=2)
right.allele.choice <- function(x) switch(x, "0"=1, "1"=2, "2"=2)
get.allele.choice <- function(allele.choice) {
    mapply(function(values, ind) mat2[ind, allele.choice(values)], 
           values=s.mat$values, ind=s.mat$ind)
}
left.side <- unstack(transform(s.mat, 
                               values=get.allele.choice(left.allele.choice))) 
right.side <- unstack(transform(s.mat, 
                                values=get.allele.choice(right.allele.choice))) 
result <- cbind(left.side, right.side)
colnames(result) <- make.unique(colnames(result))
#   rs123 rs333 rs9000 rs123.1 rs333.1 rs9000.1
# 1     A     C      T       A       T        T
# 2     A     T      T       T       T        T
# 3     A     C      G       T       T        G
于 2013-10-23T17:42:58.523 に答える