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gamで問題なく動作することがわかっているモデルがありますが、パッケージを使用して同じモデルをR実行しようとすると、入力データ列がリストであるというエラーが返されます。誰もこれを理解していますか？traincaret

私が実行しているコードは次のとおりです。

library("caret")
library("mgcv")

a <- gam(RW ~ s(Temp0.grd) + s(mld.grd) + s(mean_depth.grd) +
           s(land_dist.grd) + s(slope.grd) + s(npp.grd),
         data=mydata,
         family=binomial)

all.data.gam.train <- 
  train(form=RW ~ s(Temp0.grd) + s(mld.grd) + s(mean_depth.grd) +
          s(land_dist.grd) + s(slope.grd) + s(npp.grd),
        data=mydata,
        method='gam',
        family=binomial
  )

最初の gam モデルは正常に動作しますが、train は次のエラーを返します。

    Error in model.frame.default(form = RW ~ s(Temp0.grd) + s(mld.grd) + s(mean_depth.grd) +  : 
  invalid type (list) for variable 's(Temp0.grd)'

数式で直接 model.frame.default を実行してもこのエラーが発生するため、問題は厳密に言えば列車ではありません。

mydata は次のようになります。

> class(mydata)
[1] "data.frame"
> class(mydata$Temp0.grd)
[1] "numeric"
> class(s(mydata$Temp0.grd))
[1] "tp.smooth.spec"
> head(mydata)
    RW land_dist.grd mean_depth.grd  mld.grd   npp.grd primprod.grd Sal0.grd salbottom.grd
372  1           172      -79.83889 14.70062 1124.6136          920 31.27995         32.70
373  0           157      -84.53555 14.70062  973.1954          889 31.27995         32.70
374  1           146      -91.53111 14.70062  896.5736          803 31.38220         32.59
375  1           137      -89.44222 14.70062  783.4132          719 31.38220         32.59
405  1           173     -100.87666 14.70062 1010.4898          755 31.27995         32.70
406  1           197     -104.24111 14.70062  816.1457          767 31.27995         32.70
    salsurf.grd seamounts_dist.grd slope.grd sst.grd Temp0.grd Temp100.grd Temp50.grd
372       30.36           1529.184 16.068041    1.77  6.532125  0.31340000    0.36470
373       30.36           1513.419 16.317524    1.77  6.532125  0.31340000    0.36470
374       30.68           1496.227  8.578011    1.68  6.466700  0.01937502   -0.04645
375       30.68           1479.382  8.134535    1.68  6.466700  0.01937502   -0.04645
405       30.36           1483.972 18.345858    1.77  6.532125  0.31340000    0.36470
406       30.36           1474.469 13.433269    1.77  6.532125  0.31340000    0.36470
    tempbottom.grd
372           1.58
373           1.58
374           1.23
375           1.23
405           1.58
406           1.58

情報については、私の R インストールは次のとおりです。

> sessionInfo()
R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_US.UTF-8       
 [4] LC_COLLATE=en_US.UTF-8     LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C              
[10] LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] mgcv_1.7-27     nlme_3.1-111    caret_5.16-04   reshape2_1.2.2  plyr_1.8       
[6] lattice_0.20-24 foreach_1.4.0   cluster_1.14.4 

loaded via a namespace (and not attached):
[1] codetools_0.2-8 grid_3.0.2      iterators_1.0.6 Matrix_1.1-0    stringr_0.6.2  
[6] tools_3.0.2

助けてくれてありがとう！

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