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シェル コマンドを使用して R にいくつかのパッケージをインストールしようとしています。installDependencies.Rパッケージをインストールするための R ファイル " " を書きました。ファイルは次のとおりです。

packages <- c("xts","stringr","log4r")

# Function to check whether package is installed
is.installed <- function(mypkg){
  is.element(mypkg, installed.packages()[,1])
}

for(package in packages){
  # check if package is installed
  if (!is.installed(package)){
    install.packages(package)
  }
}

今、ターミナルを使用してこのファイルを実行しようとしています。シェルスクリプトファイルを作成しましたinst.sh。次のとおりです。

#!/bin/bash

Rscript installDependencies.R

コマンドを使用してファイルを実行するたび./inst.shに、次のエラーが生成されました:

algotree@algotree-900X3C-900X4C-900X4D:~$ ./inst.sh
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Error in contrib.url(repos, type) : 
  trying to use CRAN without setting a mirror
Calls: install.packages -> grep -> contrib.url
Execution halted
algotree@algotree-900X3C-900X4C-900X4D:~$
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CRANミラーを設定する前に同様の問題がありました

for(x in pkgs){
  if(!is.element(x, installed.packages()[,1]))
    {install.packages(x, repos="http://cran.fhcrc.org")
  } else {print(paste(x, " library already installed"))}
}
于 2013-11-19T06:50:19.080 に答える