HPC クラスターでは、ユーザーの 1 人が 30 コア以上で mpiblast ジョブを実行しています。これらは通常、約 10 個の異なるノードに配置され、ノードは通常ユーザー間で共有されます。これらのジョブは場合によってはかなりうまくスケーリングされ、使用可能なコアの約 90% を効果的に使用できますが、多くの場合、ジョブは使用可能なコアの約 10% に対応する CPU 時間しか蓄積しないため、スケーリングは非常に悪くなります。
一般的に、mpiblast のスケーリングを改善する必要がありますか? スケーリングの低下につながる可能性のある要因を知っている人はいますか?