（注。これをGoogleグループに投稿したばかりですが、現在は非推奨であると書かれています）
一連のデータセットに約 12 個のモデル パラメーターを適合させるコードがあります。pymc コードの結果はうまく表示され、lmfit パッケージを使用するコードと同じバージョン、つまり非線形最小二乗法と一致しています。私が懸念していることの 1 つは、95% の信頼区間が私の考えでは小さく、どこかにエラーがあることを示唆していることです。他の当てはめスクリプトからの標準誤差のサイズは妥当であり、関数はそのような固有の最小値がありそうにないことを示唆するほど複雑です。これは、データのサンプリング方法の結果でしょうか? 私は 100,000 回の繰り返しを実行し、50,000 回を書き込み、10 分の 1 に薄くしています。
私のコードは次のとおりです。
https://github.com/mdekauwe/FitFarquharModel/blob/master/fit_farquhar_model/fit_dummy_pymc.py
サンプルのドライビング ファイルをアップロードしてみることもできますが、明らかにばかげたことをしたのではないでしょうか?
私が小さいと言うとき、ここに例があります：
[lmfit] Vcmax25_1 = 16.55232485 +/- 1.22831709 (標準誤差)
[pymc] Vcmax25_1 = 19.5718912 [19.57150052, 19.57232205] (95% HPD)
どうもありがとう、
マーティン
ps。誰かがテストしたい場合に備えて、サンプルファイルを追加しました。そのスクリプトの下部には必要なリンクがあります...（もちろん、例のディレクトリからファイルをダウンロードする必要があります）
私の推測では、サンプラーが動かなくなったに違いないので、トレースを詳しく見てみます。