私は stats.stackexchange でこの質問を試しましたが、誰かがここで試してみることを提案したので、ここに行きます:
木の健康に関するいくつかの生態学的データの、VEGAN パッケージを使用した R での PCA 分析を完了しました。合計 80 本の木 (つまり、80 の「サイト」) があり、4 つの処理カテゴリに分けられます。色分けされたポイントでプロットされたデータがあります--治療グループに応じた色。PCA バイプロットで個々のサイト/ツリーをプロットするのではなく、各グループの重心と両方の PCA 次元の SE を示す 4 つの「クロス」を持つ箱ひげ図のようなものを作成したいと思います。このような図を論文で見たことがありますが、この方法でプロットするための R スクリプトが見つからないようです。助言がありますか？(私が探しているものの例の画像をここに投稿したいのですが、私が見つけたものはすべて有料です、申し訳ありません)。
別の方法としては、サイトのスコアを取得して手動で手段と SE を見つけ、独自のプロットを作成することだと思いますが、可能であればスクリプトを見つけたいと思います。
私が実行してきたコードは本当に簡単です:
p1<-princomp(scale(health, scale=T))
summary(p1)
scores(p1)
plot(p1)
loadings(p1)
biplot(p1, xlab = "PC 1 (38%)", ylab = "PC 2 (22%)",cex=0.6)
plot(p1$scores[,1],p1$scores[,2])
names(p1)
plot(p1$scores[,1],p1$scores[,2], type='n', xlab="PC I", ylab="PC II")
text(p1$scores[,1],p1$scores[,2] labels=Can$tree)