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PBS ジョブを送信する Perl スクリプトを作成する過程で、出力ファイルは所有者のみが使用できることに気付きました (rw-------)。#PBS -W umask=002いくつかの調査の結果、ジョブスクリプトを入れて、他の人がアクセスできるようにすることができることがわかりました。

パール:

my $client = PBS::Client->new();

my $wd    = $dir_temp;
my $name  = "demultiplex";
my $queue = "default";
my $wallt = "72:00:00";
my $job_demultiplex = PBS::Client::Job -> new(
    wd    => $wd,
    queue => $queue,
    name  => $name,
    wallt => $wallt,
    cmd   => "perl ".$script_directory."demultiplex.pl ".$dir_in." 2>"."demultiplex_error.log 1>"."demultiplex_output.log"
);

この Perlscript は、次のジョブを作成します。 

#!/bin/sh

#PBS -N demultiplex
#PBS -d /store/www/labresults_QC/small_rna_sequence_analyser/data/data_temp/BGI_pilot
#PBS -q default
#PBS -l nodes=1
#PBS -l walltime=72:00:00
#PBS -W umask=002                 <---

perl /store/www/labresults_QC/small_rna_sequence_analyser/scripts/demultiplex.pl /store/www/labresults_QC/small_rna_sequence_analyser/data/data_input/BGI_pilot 2>demultiplex_error.log 1>demultiplex_output.log

指定された行 ( <---) を Perlscript からジョブに渡す可能性はありますか?

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現在のコードベースを考えると、いいえ。PBS::Clientモジュールへのバグ レポートを開いて、機能を要求する必要があります。パッチを添えてください - それが役立つかもしれません。

于 2014-04-04T13:34:57.430 に答える