perl - NCBI スタンドアロン BLAST でステータス更新を取得するには?

Question

たとえば、リモート (NCBI) サーバーを使用して、何千もの EST シーケンスに対してスタンドアロンの Blast+ を実行しています。15 of 100 シーケンスが実行されているなどのステータス メッセージが表示されません。そのようなステータスメッセージを取得することは可能ですか? または、perl スクリプトを使用して次々とシーケンスを送信する他の方法はありますか?
どうもありがとう！

Answer 1

Bioperl ( http://metacpan.org/pod/BioPerl ) とBio::Tools::Run::RemoteBlastモジュールを使用することをお勧めします。http://metacpan.org/pod/Bio::Tools::Run::RemoteBlastを参照してください。RemoteBlast.pm モジュールで提供されているコード例を次に示します。

 while (my $input = $str->next_seq()){
    #Blast a sequence against a database:    
    #Alternatively, you could  pass in a file with many
    #sequences rather than loop through sequence one at a time
    #Remove the loop starting 'while (my $input = $str->next_seq())'
    #and swap the two lines below for an example of that.
    my $r = $factory->submit_blast($input);
    #my $r = $factory->submit_blast('amino.fa');

    print STDERR "waiting..." if( $v > 0 );
    while ( my @rids = $factory->each_rid ) {
      foreach my $rid ( @rids ) {
        my $rc = $factory->retrieve_blast($rid);
        if( !ref($rc) ) {
          if( $rc < 0 ) {
            $factory->remove_rid($rid);
          }
          print STDERR "." if ( $v > 0 );
          sleep 5;
        } else {
          my $result = $rc->next_result();
          #save the output
          my $filename = $result->query_name()."\.out";
          $factory->save_output($filename);
          $factory->remove_rid($rid);
          print "\nQuery Name: ", $result->query_name(), "\n";
          while ( my $hit = $result->next_hit ) {
            next unless ( $v > 0);
            print "\thit name is ", $hit->name, "\n";
            while( my $hsp = $hit->next_hsp ) {
              print "\t\tscore is ", $hsp->score, "\n";
            }
          }
        }
      }
    }
  }

メソッドを見てくださいretrieve_blast( http://metacpan.org/pod/Bio::Tools::Run::RemoteBlast#retrieve_blast )。ブラスト ジョブが終了したかどうかを知らせるステータス コードが返されます。さらに質問がある場合はお知らせください。さらに明確にするよう努めます。

ポール