matlab - FCM (ラベリング) を使用した脳 MRI セグメンテーション

Question

ファジー C 平均法を使用して脳 MRI セグメンテーションを行っています。ボリューム画像は n スライスで、各スライスに FCM を適用します。出力は画像ごとに 4 つのラベル (グレー マター、ホワイト マター、CSF、および背景) です。すべてのスライスの各マテリアルに同じラベル (色) を付けることができます) 私は matlab を使用しています

前もって感謝します

Answer 1

FCM 関数が正しく機能していると仮定すると、各スライスに対して同じ 4 つのラベル値が出力されます (例: ) [0 1 2 3]。これは表示上の問題であり、実際のセグメンテーションとは関係ありません。ラベルが別の問題である異なる値として出力されている場合。これは、ドキュメントがここでlabel2rgb示唆しているように実現できます。私はおそらくこのフォームを使用します：

RGB = label2rgb(L, map)

map はcolormapです。map各スライスのラベルへの呼び出しに同じものを渡すlabel2rgbと、同じ色で返されます。これも比較的簡単に実装できます。[0,1,2,3]ラベルがあり、ラベル画像を含む変数があると仮定すると、次のlabelsことができます。

% //define your own custom colormap to be whatever you like
cmap = [1 1 1; ...% //white
        1 0 0; ...% //red
        0 1 0; ...% //green
        0 0 1];   % //blue
 labelVisSlice = zeros(size(labels,1),size(labels,2),3); % //make mxnx3 array
 tmp1=labelVisSlice(:,:,1);
 tmp2=labelVisSlice(:,:,2);
 tmp3=labelVisSlice(:,:,3);
 % //now loop over all the labels and fill in the colors. 
 for label=1:length(unique(labels))
    labeledVoxels = labels==label;
    % //I'm sure there is a much faster way to do this but It's not coming to mind
    tmp1(labeledVoxels)=cmap(label+1,1);
    tmp2(labeledVoxels)=cmap(label+1,2);
    tmp3(labeledVoxels)=cmap(label+1,3);
 end
 labelVisSlice=cat(3,tmp1,tmp2,tmp3);
 imagesc(labelVisSlice);