そのため、ブラスト クエリを実行するスクリプトを作成しています。この時点で変数をハードコーディングしました (混乱しないようにするためだけです)。それは次のとおりです。
blastCLine = NcbiblastnCommandline(query="temp.fasta", db="refseq_rna", outfmt=5, out="test.txt", evalue=0.05)
stdt, stdr = blastCLine()
print stdt
print stdr
そして、何も得られず、出力ファイルは空白で、エラーも何もありません。コマンド ラインで blastCLine から blast コマンドを使用すると、機能します。Python環境で上記のコードを使用すると、動作します。私のスクリプトでは機能しません。
私はグーグルでたくさんの例を見てきました。私が言えることから、それはうまくいくはずです。私はそれをblastxに変更しようとしましたが、cmd="blastn"を使用しても無駄でした。助言がありますか？