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コマンド ラインまたはスクリプトから jags.parallel を使用すると、問題なく動作します。http://www.inside-r.org/packages/cran/R2jags/docs/jagsからこの変更された例を問題なく実行できます

# An example model file is given in:
  model.file <- system.file(package="R2jags", "model", "schools.txt")
#=================#
# initialization  #
#=================#

  # data
  J <- 8.0
  y <- c(28.4,7.9,-2.8,6.8,-0.6,0.6,18.0,12.2)
  sd <- c(14.9,10.2,16.3,11.0,9.4,11.4,10.4,17.6)

  jags.data <- list("y","sd","J")
  jags.params <- c("mu","sigma","theta")
  jags.inits <- function(){
    list("mu"=rnorm(1),"sigma"=runif(1),"theta"=rnorm(J))
  }


#===============================#
# RUN jags and postprocessing   #
#===============================#
#  jagsfit <- jags(data=jags.data, inits=jags.inits, jags.params, 
#    n.iter=5000, model.file=model.file)

  # Run jags parallely, no progress bar. R may be frozen for a while, 
  # Be patient. Currenlty update afterward does not run parallelly

  print("Running Parallel") 
  jagsfit <- jags.parallel(data=jags.data, inits=jags.inits, jags.params, 
    n.iter=5000, model.file=model.file)

ただし、関数でラップすると

testparallel <- functions(out){
# An example model file is given in:
    .
    .
    .
jagsfit <- jags.parallel(data=jags.data, inits=jags.inits, jags.params, 
  n.iter=5000, model.file=model.file)
print(out)
return(jagsfit)
}

次に、次のエラーが表示されます: get(name, 環境 = 環境) でエラーが発生しました: オブジェクト 'y' が見つかりませ

J <- 8.0
y <- c(28.4,7.9,-2.8,6.8,-0.6,0.6,18.0,12.2)
sd <- c(14.9,10.2,16.3,11.0,9.4,11.4,10.4,17.6)

  assign("J",8.0,envir=globalenv()) 
  assign("y",c(28.4,7.9,-2.8,6.8,-0.6,0.6,18.0,12.2),envir=globalenv()) 
  assign("sd",c(14.9,10.2,16.3,11.0,9.4,11.4,10.4,17.6),envir=globalenv()) 

これを回避するより良い方法はありますか?

ありがとう、グレッグ

PS

私は他の誰かのためにこのコードに取り組んでいるので、パッケージの作成者に提案するつもりですが、R2jags パッケージの内容を変更して、エクスポートする環境を渡せるようにしたくありません。

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