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私は .aln に変換したい .fasta ファイルを持っているので、それを alignIO.read コマンドと整列させるか、何らかの形で fasta ファイルに "Clustal Headers" を与えることができます。既知の clustal ヘッダーは、それを行うための "ClustalwCommandline" リターンです。チュートリアルでは、そのリターンを cline に割り当て、cline を出力するだけで、cline をどうするかわからないためです。

EDIT：-また、.dndファイルを出力することになっていますが、方法もわかりません

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たとえば、次のコードに従う場合、手動で変換する必要はありません。

>>> from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline

をインポートした後ClustalwCommandline、配置ファイルの名前を指定できます。これは、cline以下の行で構築されているコマンドです。

>>> cline = ClustalwCommandline("clustalw", infile="opuntia1.fasta", outfile="opuntia1.aln")
>>> print cline
clustalw -infile=opuntia1.fasta -outfile=opuntia1.aln

ここで、次の行を書いているとき、cline() は上記で構成されたコマンドを実行し、出力とエラー メッセージをそれぞれ変数stdoutとstderr変数に返します。と を印刷するstdoutとstderr、stdout がアライメント関連のものを印刷していることがわかります。上記のコマンドにはエラーがなかったため、stderrそれを印刷しても何も表示されません。一方、 file と呼ばれる出力ファイルopuntia1.alnには、現在の配置が含まれています。そのalnファイルに移動して開きます。アライメントが表示されるはずです。

>>> stdout, stderr = cline()
>>>
>>> print stdout

 CLUSTAL 2.1 Multiple Sequence Alignments


Sequence format is Pearson
Sequence 1: CDS         1574 bp
Sequence 2: EST          723 bp
Start of Pairwise alignments
Aligning...

Sequences (1:2) Aligned. Score:  9
Guide tree file created:   [opuntia1.dnd]

There are 1 groups
Start of Multiple Alignment

Aligning...
Group 1:                     Delayed
Alignment Score 490

CLUSTAL-Alignment file created  [opuntia1.aln]


>>> print stderr

.dnd ファイルの場合、outfile を指定する必要はありません。コードを実行した後の既定のファイルは、fasta ファイルから dnd ファイルを作成します。ここに直接の引用があります：

By default ClustalW will generate an alignment and guide tree file with names based on the input FASTA file, in this case opuntia.aln and opuntia.dnd, but you can override this or make it explicit

ソース: http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#sec89

お役に立てば幸いです、乾杯！

于 2014-05-27T06:41:52.360 に答える