私はベイズと JAGS の両方に慣れていないので、私の無知を許してください。
JAGS コードを使用して作成された R スクリプトが (同僚から) 送られてきました。
このコードの作成者は、コーダ サンプルのセットを次のように定義しています。
codaSamples = coda.samples( jagsModel , variable.names=parameters ,
n.iter=nPerChain , thin=thinSteps )
私は以下のものを手に入れたいと思っていますが、限られた成功しか収めていません:
Gelman 診断: 単一のシミュレーションに適した "show(gelman.diag(codaSamples))" を使用しました。しかし、対象のすべてのシミュレーションについて、パラメーターごとに各ゲルマン診断をファイルに出力するにはどうすればよいでしょうか? さらに興味深いのは、Rhat 値が 1.1 を超えるシミュレーションの割合を記録することは可能ですか?
密度プロット: 「show(densplot(codaSamples))」を使用しました。ただし、これにより、各プロットが個別のプロットに生成されます (モデルには 96 個のパラメーターがあります)。ページごとに複数のプロットを配置する「autocorr.plot」と同等のものはありますか?
分位数: 「show (summary(codaSamples))」を使用しましたが、これにより各パラメーターの平均、SD、および特定の百分位数が得られましたが (これは私が望んでいたものです)、MCMC マトリックスも得られました。各パラメータの基本的な統計プロパティを指定する方法はありますか?
事後分布: 各パラメータの特定の値 (0 など) が下/上にあるセンタイルを計算する方法はありますか? それでは、すべてのシミュレーションを要約しますか?
あなたが提供できる助けを前もって感謝します。