問題タブ [jags]

一連のモデルに適合するために、rjags と R2jags を介してリンクされた JAGS と R を使用しています。モデルは、1 つの特定の潜在変数の次元数を除いてすべて同じです。(必要に応じて詳細を提供できます。)

R スクリプトを実行すると、最初の反復は問題なく実行されます。しかし、スクリプトが 2 番目のモデルに到達すると、次のようにクラッシュします。

このエラーに関するドキュメントが見つかりません。それはどういう意味ですか、どうすれば修正できますか? ありがとう！

私はJAGSを初めて使用し、打ち切りデータに対してJAGSでdinterval（）がどのように機能するかを理解しようとしています。各データポイントの上限と下限のみがある粗いデータをモデル化しています（真の値ではありません）。これがどのように機能するかを示す簡単な例です。

各ポイントのいくつかの上限と下限：

モデルを作成する関数（データが共通の平均と分散を持つ正規分布からのものであると想定）：

ジャグ呼び出しのいくつかの関数と割り当て：

そして、モデルを実行します。

これを実行するとどうなりますか？

1）muの推定値は、15になるはずのときに0付近に浮かんでいます。

2）DIC = TRUEの場合、実行されません。

エラー： "jags.samples（model、variable.names、n.iter、thin、type =" trace "のエラー、：ノードの逸脱度のトレースモニターを設定できませんでした

私は愚かなことをしていると確信しており、誰かが私を軌道に乗せるのを手伝ってくれたら幸いです。

私はジャグを使用しており、パラメーターシータを推定するために2つの異なるモデルを定義しました。この2つのモデルがシータ1とシータ2の異なるサンプルを返すのはなぜですか？誰かが私を助けることができますか？

助けてくれてありがとう。ディオゴフェラーリ

jags.model最初の引数として BUGS モデルを含むファイル名が必要です。すべてを 1 つのスクリプトに含めるために、writeLinesコマンドを使用して BUGS モデルをファイルに書き込むことがあります。例えば、

ただし、選択できる場合は、ファイルを作成したくありません。

テキストを含む R である種の仮想ファイルを作成する方法はありますか?

ファイルの機能を模倣するために、何らかの方法で R 接続を使用して変数に文字列を書き込む方法があるのではないかと考えていました。

私が考えていたものの大まかな擬似コード:

私はよく、既知のパラメーターを使用してシミュレートされたデータで JAGS モデルを実行します。オブジェクトのデフォルトのプロット方法が気に入っていますmcmc。abline(v=TRUE_VALUE)ただし、モデル化された for each パラメータを追加したいと思います。これにより、事後分布が妥当かどうかを簡単に確認できます。

もちろん、これを手動で行うことも、おそらく車輪を再発明して独自の関数を作成することもできます。しかし、既存の方法に基づいたエレガントな方法があるかどうか疑問に思っていましたplot。

これが実際の例です：

abline(v=100)mu やabline(v=15)sigmaのようなものを実行したいだけです。もちろん、他の多くの例では、5、10、20、またはそれ以上の関心のあるパラメーターがあります。したがって、名前付きパラメーターに真の値のベクトルを提供できることに興味があります。

私は見てきたgetAnywhere(plot.mcmc)。それを変更することは良い方法でしょうか？

ジャグとバグのモデルファイルを色で強調表示するパッケージはありますか？ESSをインストールしましたが、.bugファイルまたはjags/bugs構文をすぐに認識できないようです。

rjagsR ライブラリを使用しています。関数coda.samplesは、mcmc.listたとえば (からexample(coda.samples)) を生成します。

ただし、オブジェクトを入力としてplot.bugs必要とする関数を使用したいと思います。bugs

mcmc.listオブジェクトをからbugsオブジェクトに変換することは可能plot.bugs(LINE.out)ですか?

1 か月以上未回答のstats.SE に関する同様の質問があることに注意してください。その質問には報奨金があり、2012 年 8 月 29 日に終了しました。

その他のヒント:

R2WinBUGS パッケージに "as.bugs.array" 関数があることを発見しましたが、この関数を mcmc.list に適用する方法が明確ではありません。

JAGSとBUGSでモデルを実行する方法の詳細について簡単に質問します。

n.burnin=5000、、n.iter=5000およびを使用してモデルを実行するとしthin=2ます。これは、プログラムが次のことを行うことを意味しますか？

1. 5,000回の反復を実行し、結果を破棄します。その後
2. 1秒おきの結果のみを保持しながら、さらに10,000回の反復を実行しますか？

これらのシミュレーションをCODAオブジェクトとして保存すると、10,000個すべてが保存されますか、それとも間引きされた5,000個だけが保存されますか？ACFプロットを作成するためにどの反復セットが使用されているかを理解しようとしていますか？

RでJags/Winbugsを実行していますが、これは正常に機能しますが、出力をテキストまたはcsvファイルに保存できません（どちらも機能します）

必要なのは、次のように入力したときに表示される出力を保存する方法です。

write.tableを試してみると、次のエラーが発生します。クラス'"bugs"'をdata.frameに強制できません。

マルチグレイントピックモデルをモデル化するための Winbugs/Jags モデルを作成しようとしています (まさにこの論文 -> http://www.ryanmcd.com/papers/mg_lda.pdf )

ここでは、特定の値に基づいて別の分布を選択したいと思います。例：次のようなことをしたい

これは Winbugs/JAGS で実行できますか?