perl - Ubuntu 12.04LS への bioperl のインストール

Question

バージョン 5.20.0 の Perl 環境に Bioperl パッケージをインストールしようとしていますが、うまくいきません。ウェブサイトのアイデアと提案はさまざまで、私にとっては不安になります。Ubuntu 12.04LS に Bioperl をインストールするためのプロトコルを教えてください。

Answer 1

ソース: http://www.bioperl.org/wiki/Installing_BioPerl_on_Ubuntu_Server

基本的な Ubuntu サーバーのインストールと構成

インストールしてから設定してください。

apt-get clean
apt-get update
apt-get upgrade
apt-get install ssh screen
apt-get clean

apt-get で可能な限りインストールする

/etc/apt/sources.list でユニバースとマルチバースを有効にする

apt-get update
apt-get install \
 lynx unzip zip ncftp gcc libc6-dev make mysql-server apache2 \
 perl libgd-gd2-perl libcgi-session-perl libclass-base-perl libexpat1-dev
apt-get clean

apt-get 経由では利用できない CPAN および perl モジュールをインストールする

cpan -i 'Text::Shellwords'  # choose defaults if first time

BioPerl をインストールする

cd /tmp
wget -N http://bioperl.org/DIST/current_core_unstable.tar.bz2
tar -xjvf current_core_unstable.tar.bz2
cd bioperl-*
perl Build.PL   # choose the defaults
./Build test
./Build install