Codekit では、ファイルごとに JS ファイルのコンパイルを無効にすることしかできませんが、さらに悪いことに、既に「コンパイル/出力」なしとしてマークした JS ファイルが一貫して元に戻されます。
JS ファイルを開いて編集するとき、または Git ブランチを切り替えるときに発生します。変更に気付かない場合、Codekit はバックグラウンドで「更新」を行い、config.codekit を自動的に更新します。次にわかるのは、ファイルを保存していて、Codekit が不要な JS ファイルをコンパイルしていることです。
config.codekit への変更を元に戻すことで回避できますが、大規模な JS アプリでは、これはせいぜい不十分な回避策であり、サイト全体で JS コンパイルを無効にすることをオプションにする必要があります。