スクロールバーをJavascriptでアニメーション化すると、ブラウザーのリフローがトリガーされるのではないかと思います。
異なるブラウザ実装間で何か違いはありますか?
window.pageXOffset&window.pageYOffset
document.documentElement.scrollLeft&document.documentElement.scrollTop
document.body.scrollLeft&document.body.scrollTop
ありがとう!