スクロールバーをJavascriptでアニメーション化すると、ブラウザーのリフローがトリガーされるのではないかと思います。
異なるブラウザ実装間で何か違いはありますか？
window.pageXOffset＆window.pageYOffset
document.documentElement.scrollLeft＆document.documentElement.scrollTop
document.body.scrollLeft＆document.body.scrollTop
ありがとう！