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私は R の初心者です。プロジェクトの必要性により、10 万エントリの Chisq テストを行う必要があります。

私は数日間独学で学び、ループで chisq.test を実行するためのコードをいくつか書きました。コード:

the.data = read.table ("test_chisq_allelefrq.txt", header=T, sep="\t",row.names=1)
p=c()
ID=c()
for (i in 1:nrow(the.data)) {
data.row = the.data [i,]
data.matrix = matrix ( c(data.row$cohort_1_AA, data.row$cohort_1_AB,       data.row$cohort_1_BB, data.row$cohort_2_AA, data.row$cohort_2_AB, data.row$cohort_2_BB,data.row$cohort_3_AA,data.row$cohort_3_AB,data.row$cohort_3_BB), byrow=T, nrow=3)
chisq = chisq.test(data.matrix)
pvalue=chisq$p.value
p=c(p, pvalue)
No=row.names(the.data)[i]
ID=c(rsid, SNP )
}
results=data.frame(ID,p)
write.table (results,  file = "chisq-test_output.txt", append=F, quote = F, sep = "\t ",eol = "\n", na = "NA", dec = ".", row.names = F, col.names = T)

このコードにはいくつかの問題がある可能性があります。しかし、それは機能します。

ただし、実行速度は非常に遅いです。

「適用」を使用して改善しようとします

「for」を使用する代わりに、apply を 2 回使用する予定です

datarow= apply (the.data,1,  matrix(the.data, byrow=T, nrow=3))
result=apply(datarow,1,chisq.test)

ただし、行列が関数ではないというエラーがあります。zsd chisq.test の出力はリストです。write.table を使用してデータを出力することはできません。

the.data はこんな感じです。

SN0001 and 9 numbers
           cohort_1_AA cohort_1_AB cohort_1_BB cohort_2_AA cohort_2_AB cohort_2_BB cohort_3_AA cohort_3_AB cohort_3_BB
SN0001     197         964        1088       877      858      168     351    435      20
....
....

私は昼夜を問わず努力してきました。誰かが私を助けてくれることを願っています。どうもありがとうございました。

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2 に答える 2

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1 つのforループは 2 つでapplyはなく 1 つを意味します。

このようなもの：

result=apply(the.data, 1, function(data.row) {
   ## Your code using data.row
})

for結果がループよりも読みやすい場合は、それを使用してください。そうでなければ、あなたが持っているものに固執してください。 apply速度が著しく異なることはありません (速いまたは遅い)。

于 2014-06-23T05:52:38.380 に答える