特定の配列から二次構造を予測するために biojava で使用する方法はありますか?
または、誰もいない場合、どうすれば実装できますか? ソースコードはありますか？推奨するexeはありますか？
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biojava には配列からの二次構造予測はないと思います。ただし、DSSP アルゴリズムに基づいて、構造が指定された二次構造の割り当てがあります。https://github.com/biojava/biojava-tutorial/blob/master/structure/secstruc.mdを参照してください。
于 2016-06-14T18:53:40.910 に答える
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BioJava では利用できないと思いますが、できることは、BioJava ライブラリ ( http://biojava.org/wiki/BioJava:CookBook3:NCBIQBlastService ) または RCSB Web ページを使用して BLAST 検索を実行し、BLAST 検索から立体構造を持つタンパク質を見つけることができます。その後、パッケージ内のクラスのsuggestDomains(Structure s)メソッドを使用できます。ドメインは、二次構造についていくつかのアイデアを与えるかもしれません。LocalProteinDomainParserorg.biojava.bio.structure.domain
于 2014-08-09T15:17:21.537 に答える