問題タブ [biojava]

BioJava でメソッドを検索して、PDB ファイルから Atom シーケンスを取得します。BioJava API を見ましたが、getAtomSequence() ではアミノ酸をキャッチします。BioJava で他のいくつかの方法を試しましたが、思いどおりに機能しませんでした。

誰でもここで私を助けることができますか?

ありがとう

典型的な入力.txtファイル (fasta ファイルとも呼ばれます) は次のとおりです。

シーケンスを読み取るコードは、ここにあります。

タブ区切りで以下に示すように、適切な出力が得られます。

問題は、NetBeans でJTable5 つの列を持つフォームを開発したことです。

とJTextArea。上記の出力を列に表示したいのですがJTable、他の列は空のままです。で「contig00001」をクリックするとJTable、「CGGGAAAT....」のようなそれぞれのシーケンスが に表示されますJTextArea。

どうやってやるの？任意の提案をいただければ幸いです。

次の問題があります。

• 1 つまたは 2 つのスポットが異なる 2 つの DNA シーケンス (ACGT で構成される) があります。
• 違いを見つけるのは些細なことなので、無視しましょう
• それぞれの違いについて、両方の可能性を表すコンセンサス シンボル(たとえば、A または C の場合は M)を取得したい

巨大なif-cascadeを作成できることはわかっていますが、それは見苦しくて保守が難しいだけでなく、遅いと思います。

それを実装するための高速で簡単に維持できる方法は何ですか? おそらくある種のルックアップテーブル、または組み合わせのマトリックスですか？コードサンプルは大歓迎です。私はBiojavaを使用していたでしょうが、私がすでに使用している現在のバージョンはその機能を提供していません（またはまだ見つけていません...）。

更新: ここには少し混乱があるようです。コンセンサス記号は単一の文字であり、両方のシーケンスで単一の文字を表します。

String1 と String2 は、たとえば "ACGT" と "ACCT" です。位置 2 が一致しません。S は「C または G のいずれか」を表すため、コンセンサス文字列を ACST にしたいのです。

次のようなメソッドを作りたいです。

更新 2 : 提案された方法のいくつかは、シーケンスが 2 つしかない場合に機能します。これらの「同意」を何度か繰り返す必要があるかもしれないので、入力アルファベットが「ACGT」から「ACGTRYKMSWBDHVN」に増加する可能性があり、提案されたアプローチのいくつかを作成して維持するのが非常に扱いにくくなります。

私はここで例を使おうとしています：http： //www.biojava.org/wiki/BioJava%3aCookbook%3aSeqIO%3aReadGESBiojavax

ただし、使用したorg.biojavaインポートが見つかりません。POM.xmlをダウンロードして編集し、プロジェクトに追加しようとしましたが、効果がありませんでした。助言がありますか？

私は Java の初心者で、GenBank テキスト ファイルを FASTA 形式に変換できるプログラムを構築したいと考えています。基本的に 2 つのテキスト ボックスがあります。1 つは GenBank 形式のファイルをアップロードする場所、もう 1 つは変換された FASTA 形式のファイルを表示する場所です。

これは GenBank 形式のファイルです。

対応する FASTA 形式のファイルは次のとおりです。

GenBank ファイルをトリミングし、クリックしたボタンを使用して 2 番目のテキスト ボックスに表示する方法やコードに関するアドバイスを手伝ってくれる人はいますか。

Netbeans 6.9 を使用しています。

biojava jar ファイルをダウンロードし、クラスパスに保存しました。私はからテストする例を試みています: http://www.biojava.org/wiki/BioJava:CookBook:Core:FastaReadWrite

しかし、それは私にエラーを与えます:

サイトに表示されているサンプル ファイルに 24 個のエラーがあります。クラスパスにjarファイルを保持しています。なぜこれが私にエラーを与えたのですか？私は何かステップを逃しましたか？

Windows 8 で Eclipse を使用してコードを実行すると問題が発生します。以下のコードは、Linux の Eclipse ではスムーズに実行されますが、Windows 8 では実行されません。

基本的にgetStructure、メソッドは PDB ファイルをダウンロードしようとしますが、失敗して以下のエラーが発生します。

JDKを再インストールして更新しようとしましたが、ファイアウォールをオフにして追加しまし-Djava.net.preferIPv4Stack=trueたが、それでも問題を解決できません。どんな提案でも大歓迎です。よろしくお願いします！

BIopython または BioJAVA を使用して、FTP ncbi から gbk ファイルを自動的に検索および解析する方法を知っている人はいますか。BIOjava でユーティリティを検索しましたが、見つかりませんでした。私もBioPythonを試しましたが、これが私のコードです:

ただし、マイコバクテリウム アビウム種は 3 つしかありません (全ゲノム シーケンスと完全な注釈付き)。得られた結果は 59897 です。

BioJava または BioPython で検索を実行する方法を教えてください。それ以外の場合は、このプロセスを最初から自動化する必要があります。

ありがとうございました。