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BioJava ライブラリを使用して構造的アラインメントを試みています。ある構造体オブジェクトからいくつかのチェーンを 1 つずつ選択し、それらを別の構造体オブジェクトに追加して、それらと構造的なアライメントを行うことができるようにしたいのですが、まだ方法がわかりませんでした。これまでに書いたコードは以下ですが、nullポインタ例外が発生します（おそらくnew_structurenullに設定されているため）。他に何を試すことができますか？

 private static Structure prepareStructures(String structure_name, AtomCache cache){

    Structure structure = null;
    Structure new_structure = null;
    String[] pdbnchain;
    try{
        pdbnchain = structure_name.split("\\.");
        structure = cache.getStructure(pdbnchain[0]);
        for(int i = 0; i < pdbnchain[1].length(); i++){
            String letter = pdbnchain[1].charAt(i)+"";
            new_structure.addChain(structure.getChainByPDB(letter));
        }
    } catch(Exception ex){
        ex.printStackTrace();
    }
    return new_structure;
}
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あなたが使用することができます:

Structure new_structure = structure.clone();

構造の同一のコピーを取得します。次に、new_structure にも最初の構造のすべてのチェーンが含まれます。

おそらく、次の後にそれを行う必要があります。

structure = cache.getStructure(pdbnchain[0]);
new_structure = structure.clone();

null 以外の値を持つこと。このドキュメントを参照してください。

あなたも試すことができます：

Structure new_structure = new StructureImpl(); // StructureImpl implements Structure interface.
于 2014-08-09T15:07:53.323 に答える