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私はMSAを実行する必要があります（12の小麦品種のヌクレオチド配列で複数の配列アラインメント。これらの品種はすべて異なる長さのbps（塩基対）を持っています。私はMATLAB http://www.mathworks.in/help/bioinfo/refのこのドキュメントに従いました/multialign.html。しかし、これを入力すると "

ma = multialign(p53,tree,'ScoringMatrix',...
                {'pam150','pam200','pam250'})
showalignment(ma)"

エラーが発生します：

??? Out of memory. Type HELP MEMORY for
your options.

Error in ==> profalign>affinegap at 648
F =  zeros(n+1,m+1,numStates);

Error in ==> profalign at 426
    [F, pointer] =
    affinegap(prof1,len1,prof2,len2,SM,go1,go2,ge1,ge2,wg1,wg2);

Error in ==> multialign at 655
    [profs{rootInd} h1 h2] =
    profalign(profs{[i,rootInd]},...

助けてください

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これは、特定の設定に大きく依存するため、デバッグが難しい問題です。コメントで述べたように、Matlab はメモリが不足していると言っています。これは、Matlab の構成方法が原因であるか、コンピューターに十分な RAM がない (または、その時点で他の目的のために RAM を使いすぎていた) ことが原因である可能性があります。また、処理しきれないほど多くのデータを与えた可能性もあります。ただし、シーケンスが不当に長くないと仮定すると、プログレッシブ アラインメント アルゴリズムでは 12 シーケンスがかなり扱いやすいはずmultalignです。

これらすべての変数を考えると、最も簡単な解決策は、コンピューターで実行しようとしないことです。確実に十分な RAM を備えたサーバー上で整列するデータを送信できる Web サイトがあります。そのような Web サイトの中で最も人気があるのは、ClustalW の後継であるClustalOmegaです。これらのサイトは通常、かなり迅速に結果を返します。

于 2014-10-01T01:48:40.643 に答える