r - R での pheatmap の書式設定: 凡例のサイズと正方形のプロットの作成

Question

Pheatmap は、legend=FALSE の場合にのみ正方形のプロットを作成します。par() を使用して、oma() と mar() のスペースを増やしてみましたが、うまくいきませんでした。凡例も非常に大きく、これを減らしたり位置を変更したりするドキュメントが見つかりません。最初のプロットにはデンドログラムが適合していませんが、これはサイジングの問題とは関係ありません。クラスタリングに関係なく同じことが起こります。コメントをいただければ幸いです

png(filename="tmpfile.png", width=1500, height=1500, res=500)
pheatmap(res, cluster_rows=FALSE, cluster_cols=FALSE, main="Default_clust", annotation=res2, color = rainbow(n, start=.7, end=.1), show_rownames=FALSE, show_colnames=FALSE, border_col=NA, fontsize=6)
dev.off()

Answer 1

提案された例を使用すると、これが得られます。

test = matrix(rnorm(200), 20, 10)
test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3
test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2
test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4
colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "")
rownames(test) = paste("Gene", 1:20, sep = "")

# Draw heatmaps
pheatmap(test, cluster_row = FALSE, legend_breaks = -1:4, legend=T, legend_labels = c("this is a     really long item", "1e-4", "1e-3", "1e-2", "1e-1", "1"))

ラベルと凡例が表示されるようになりました: