問題タブ [pheatmap]

パッケージによって生成されるヒートマップの x 軸ラベルはpheatmap、デフォルトで 270 度回転しています。それらを90度回転させる必要があります。

関数をトレースしたpheatmap()ところ、ラベルを生成する内部 (非表示) 関数があることがわかりました。

次のコマンドを使用して、上記の関数のrot = 270byrot = 90とhjust = 0byを単純に変更したところ、機能しました。hjust = 1

しかし問題はfixInNamespace()、パッケージ内の関数定義を永続的に変更することです。元の関数定義を変更するのではなく、必要な場合に備えて関数の定義を一時的に独自のものに置き換えた方がよいでしょうdraw_colnames()。

解決策はありますか？

同じヒートマップ プロットに異なる種類のデータを結合しようとしています。しかし、サブデータごとに異なる色のセットを使用する必要があります。次に例を示します。

結果には、最初の 3 列 (data1 から) が赤/青の色で、4 番目から最後の列までが黒/白である必要があります。これが役立つ場合は、データ マトリックスをカラー マトリックスに変換できます。heatmap() を試してみましたが、1 セットの色だけで動作するようです。この例では、data1 の 1 は赤でプロットする必要がありますが、data2 の 1 は白でプロットする必要があります。ありがとう！

素朴な疑問ですが、解き方がわかりません。データフレームがあり、ヒートマップを使用してその値をプロットしましたpheatmap。このデータフレームの値の範囲は 0.098 から 2.94 です。私のデータには多くの1 があります。1 を白として設定し、残りの値はグレースケールで、最大値を黒として設定したいと思います。私のコードでも同様の結果が得られますが、0.098 から 1 までの値を含むグレー スケールが昇順、つまり明るいグレーから暗いグレーになるという結果が得られます。それが可能かどうかはわかりません。

どうもありがとう

私のコード:

そして、これdputが私のデータフレームです

Pheatmap で個別の凡例 (連続的ではない) を作成したいと考えています。したがって、このコードでは、

凡例は次のようになります。

しかし、各長方形のサイズが同じである場合、次のようにしたいと思います。

これを可能にする pheatmap のオプションを教えてください。私はそれを把握することはできません。どうもありがとう、

私はいじってpheatmap、最初から立ち往生しようとしています。

おもちゃの例を作成する:

次のエラー メッセージがスローされます。

そして、それが生成するプロットは正しくないようです:

たとえば、右上のセルが白い理由がわかりません。また、長方形ではなく正方形のセルを取得するという設定cellwidth = 10と意味も考えました 。cellheight = 10最後に、ヒート マップのデンドグラムと同じ側 (つまり、デンドグラムの先端) に行名と列名を表示できるかどうかを誰かが知っていれば、それは素晴らしいことです。

Pheatmap は、legend=FALSE の場合にのみ正方形のプロットを作成します。par() を使用して、oma() と mar() のスペースを増やしてみましたが、うまくいきませんでした。凡例も非常に大きく、これを減らしたり位置を変更したりするドキュメントが見つかりません。最初のプロットにはデンドログラムが適合していませんが、これはサイジングの問題とは関係ありません。クラスタリングに関係なく同じことが起こります。コメントをいただければ幸いです

関数 pheatmap で 36 個のヒートマップを作成しましたが、それらを 1 つの図に表示したいと考えています。関数 par() を使用しようとしましたが、機能しませんでした。理由はわかりません。誰かが私に何をすべきか教えてもらえますか? どうもありがとうございました。これは私のコードです:

これは 1 つのデータセットです

このようなtxtファイルが36個ありますが、ここにすべてを入れることはできません 「ScaBER 5637」はこのデータセットの列名です

R パッケージの pheatmap を使用してヒートマップを描画します。入力マトリックスの NA に色を割り当てる方法はありますか? NAはデフォルトで白く着色されているようです。例えば：

ありがとう

サイズが n*k の R でヒートマップを作成しました。i 番目の要素に使用される個々の色を抽出することは可能ですか?

たとえば、n=3 (列) および k=50 (行) の場合、n は任意の重大度レベルであり、k は英国の地区を表します。

これらの地区のポリゴンがあり、一貫性を保つために、ヒートマップ全体と同じ色をポリゴンの塗りつぶしとして使用して、重大度に基づいて 3 つの個別のマップを作成したいと考えています。

ありがとう、アラン

大きなデータで pheatmap を使用しています。私の目的は、行と列をクラスター化し、主なクラスターを分析することです。データ テーブルをアップロードし、次のようにヒートマップを実行します。

これにより、データのヒートマップを取得します。私のexample.txtは次のようになります：

これは非常にばかげた質問かもしれませんが、とにかく投稿します。pheatmap(data) を実行した後、クラスターに対応する要素を取得するにはどうすればよいですか? 結果を特定の方法で保存し、他の R パッケージで分析する必要がありますか?