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私はこのページに従います PDBファイルからチェーンを抽出する方法? しかし、私が望むものの完全な解決策を見つけることができません。これが私の質問です：

特定のチェーン ID を指定せずに、pdb 内のすべてのチェーン ID を抽出し、これらのチェーン ID を別の pdb ファイルに書き込みます。pdbに存在するすべてのチェーンを抽出する方法を教えてください。たとえば、pdb に 2 つのチェーンが含まれている場合、2 つのチェーンすべてを別々に記述したいと考えています。

6CHY - A と B の 2 つのチェーンがあります。A チェーンを 6CHY_A.pdb に、B チェーンを 6CHY_B にそれぞれ書きたいと思います。

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pdb 内のすべてのチェーンは、 で取得できますget_chains。

pdb = PDBParser().get_structure("6CHY", "6CHY.pdb")

for chain in pdb.get_chains():
    # Chain business goes here

各チェーンを個別のファイルに書き込む必要があるとします。これを行う：

from Bio.PDB import PDBParser, PDBIO

io = PDBIO()
pdb = PDBParser().get_structure("6CHY", "6CHY.pdb")

for chain in pdb.get_chains():
    io.set_structure(chain)
    io.save(pdb.get_id() + "_" + chain.get_id() + ".pdb")
于 2014-09-05T09:57:49.710 に答える