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私は R に比較的慣れておらず、フォーラムもまったく初めてなので、いくつかの投稿ルールを認識していない可能性があります (親切に)。

私が抱えている問題は、Stef van Buuren によるマウス パッケージの as.mids() 関数に関連しています。それを使用すると、新しい mids オブジェクトのデータは問題ありませんが、属性の補完の数は元の + 1 です。

例 (元の as.mids() の例と mouse パッケージのデータを使用):

imp <- mice(boys, print = FALSE, maxit = 1) #using the default number of imputations m = 5
X <- complete(imp, action = "long", include = TRUE)
test <- as.mids(X)

作成されたオブジェクトは次のようになります: 代入数 = 6 (5 ではなく)。

fit <- with(imp, lm(bmi ~ age))
round(summary(pool(fit)), 2)
fit2 <- with(test, lm(bmi ~ age))
round(summary(pool(fit2)), 2).

as.mids() のコードを見ると、1 つの小さな変更でこれが解決されているように見えますが、私の R の知識にはセカンドオピニオンが必要です。

元の as.mids() コードは次のとおりです。

function (data, .imp = 1, .id = 2) 
{
  ini <- mice(data[data[, .imp] == 0, -c(.imp, .id)], m = max(as.numeric(data[, 
                                                                              .imp])), maxit = 0)
  names <- names(ini$imp)
  if (!is.null(.id)) {
    rownames(ini$data) <- data[data[, .imp] == 0, .id]
  }
  for (i in 1:length(names)) {
    for (m in 1:(max(as.numeric(data[, .imp])) - 1)) {
      if (!is.null(ini$imp[[i]])) {
        indic <- data[, .imp] == m & is.na(data[data[, 
                                                     .imp] == 0, names[i]])
        ini$imp[[names[i]]][m] <- data[indic, names[i]]
      }
    }
  }
  return(ini)
}

ini (3 行) の定義でマウスの呼び出しの m パラメータを変更すると、問題が解決するようです (max(as.numeric()) がレベルの数を与えるという事実のみを考慮して、元のデータを含め、これはおそらく言及されていません）：

as.mids.mod <- function(data, .imp = 1, .id = 2){
  ini <- mice(data[data[, .imp] == 0, -c(.imp, .id)], m = (max(as.numeric(data[, .imp])) -1), maxit = 0)
  names <- names(ini$imp)
  if (!is.null(.id)) {
    rownames(ini$data) <- data[data[, .imp] == 0, .id]
  }
  for (i in 1:length(names)) {
    for (m in 1:(max(as.numeric(data[, .imp])) - 1)) {
      if (!is.null(ini$imp[[i]])) {
        indic <- data[, .imp] == m & is.na(data[data[, .imp] == 0, names[i]])
        ini$imp[[names[i]]][m] <- data[indic, names[i]]
      }
    }
  }
  return(ini)

例で as.mids.mod を使用すると、同様の分析結果が得られます。

imp <- mice(boys, print = FALSE, maxit = 1)
data <- complete(imp, action = "long", include = TRUE)
test <- as.mids(data)
test2 <- as.mids.mod(data)

fit <- with(imp, lm(bmi ~ age))
round(summary(pool(fit)), 2)
fit3 <- with(test2, lm(bmi ~ age))
round(summary(pool(fit3)), 2)

関数の使用や問題解決に何か問題がありますか、それとも as.mids() 関数をわずかに変更する必要がありますか?

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この問題を提起していただきありがとうございます。as.mids2()次の作業例の関数は、目的のmidsオブジェクトを生成します。

as.mids2 <- function(data2, .imp=1, .id=2){
    ini <- mice(data2[data2[, .imp] == 0, -   c(.imp, .id)], m =   max(as.numeric(levels(data2[,  .imp]))), maxit=0)
    names  <- names(ini$imp)
    if (!is.null(.id)){
        rownames(ini$data) <- data2[data2[, .imp] == 0, .id]
    }
    for (i in 1:length(names)){
        for(m in 1:(max(as.numeric(levels(data2[,  .imp]))))){
            if(!is.null(ini$imp[[i]])){
                 indic <- data2[, .imp] == m &  is.na(data2[data2[, .imp]==0, names[i]])
                ini$imp[[names[i]]][m] <- data2[indic, names[i]]
            }
        } 
    }
    return(ini)
}

require(mice)
imp <- mice(nhanes)
com <- complete(imp, "long", include = TRUE)

imp2 <- as.mids2(com)
com2 <- complete(imp2, "long", include = TRUE)
all(na.omit(com == com2))
于 2014-09-19T09:04:15.583 に答える