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オブジェクト内の軸の長さを直接検索することは可能biom.Tableですか、それとも次のようなことをする必要がありますか?tはTableオブジェクトです:

if axis == 'sample':
    length = t.shape[0]
elif axis == 'observation':
    length = t.shape[1]
else:
   raise UnknownAxisError(axis)

これを行うには、 のようなメソッドを使用する方がよいようt.length(axis)です。そのような機能は存在しますか？

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現時点で最良の方法は次のとおりです。

>>> from biom import example_table
>>> axis = 'sample'
>>> print example_table.ids(axis).size
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__len__どの軸を返す必要があるかが明確でないため、現在はオーバーロードされていません。とはいえ、メソッドを持つことは理にかなっているかもしれませlengthん。それがより明確になると思われる場合は、次の最善のステップは githubプロジェクトで問題を作成することです。

于 2014-09-26T15:35:19.097 に答える