問題タブ [biom]

オブジェクト内の軸の長さを直接検索することは可能biom.Tableですか、それとも次のようなことをする必要がありますか?tはTableオブジェクトです:

これを行うには、 のようなメソッドを使用する方がよいようt.length(axis)です。そのような機能は存在しますか？

.biom テーブルを QIIME から QIIME の「従来の」OTU テーブル形式に変換して、Explicet で使用することはまだ可能ですか? biom-format.org からコマンドを実行してみました

biom convert -i table.biom -o table.from_biom_w_taxonomy.txt --to-tsv --header-key タクソノミー

しかし、エラーが返されます:

biom convert: エラー: そのようなオプションはありません: --to-tsv

何か案は？

pip install biom-format を使用して biom フォーマットをインストールできません。これは私が得るエラーです。

============ 別の問題として、numpy を更新しようとしましたが、うまくいったようですが、以前のバージョンが表示されます。これが私がしたことです。

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========== PATH に何か問題があるのでしょうか??

この問題を解決するのを手伝ってください。ありがとう、ミトラ

私はbiomFreeBSD のパッケージ (2.1.5) に取り組んでいます。

ドキュメントに基づいて、最初は と に依存していましたが、掘り下げるpynumpyとh5py、以下にも依存する必要があると思います。

biom今、実行すると以下のエラーが発生するところまで来ました。デバッグに関する提案はありますか? 私は Python 開発者ではないので、お手柔らかにお願いします。

macbook pro で pip install biom-format を使用して biom フォーマットをインストールできません。これは私が得るエラーです

エラーの削除を手伝ってください。

多数のファイルを含むフォルダーがあります。ループを適用してそれらをファイルに変換しtxtたいと思います。次のようにしました。for do dotxtbiom

しかし、結合されたbiomファイルを取得しました。

元のファイル名を変更せずに、複数のtxtファイルをbiomファイルに変更して、上記のコードを修正するにはどうすればよいですか?

のように:test.txtにtest.biom