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これは、特定の地域から VCF ファイルを取得し、tabixvcftools の「keep」オプションを使用して特定の (ヨーロッパの) 人口をフィルタリングするコードです。

####select specific population
if [ "$POP_FILE" != "" ]; then
    vcftools --vcf temp.vcf --keep $POP_FILE --recode --recode-INFO-all > temp2.vcf 2> /dev/null
else
    cp -f temp.vcf temp2.vcf    
fi

問題: recode.vcfファイルを作成しますが、temp2 ファイルが空であるため、リダイレクトが行われません。

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vcftools を避けて、代わりに bcftools ( https://github.com/samtools/bcftools )を使用します。

if [ "$POP_FILE" != "" ]; then
  bcftools view temp.vcf -S $POP_FILE -o temp2.vcf
else
  cp -f temp.vcf temp2.vcf
fi

bcftools をインストールするには:

git clone --branch=develop git://github.com/samtools/bcftools.git
git clone --branch=develop git://github.com/samtools/htslib.git
cd htslib && make && cd ..
cd bcftools && make && cd ..
sudo cp bcftools/bcftools /usr/local/bin/
于 2015-04-06T21:44:56.517 に答える