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This is a part of my input Genbank file:

LOCUS       AC_000005              34125 bp    DNA     linear   VRL 03-OCT-2005
DEFINITION  Human adenovirus type 12, complete genome.
ACCESSION   AC_000005 BK000405
VERSION     AC_000005.1  GI:56160436
KEYWORDS    .
SOURCE      Human adenovirus type 12
  ORGANISM  Human adenovirus type 12
            Viruses; dsDNA viruses, no RNA stage; Adenoviridae; Mastadenovirus.
REFERENCE   1  (bases 1 to 34125)
  AUTHORS   Davison,A.J., Benko,M. and Harrach,B.
  TITLE     Genetic content and evolution of adenoviruses
  JOURNAL   J. Gen. Virol. 84 (Pt 11), 2895-2908 (2003)
   PUBMED   14573794

And I want to extract the journal title for example J. Gen. Virol. (not including the issue number and pages)

This is my code and it doesn't give any result so I am wondering what goes wrong. I did use parentheses for $1, $2 etc... And though it worked my tutor told me to try without using that method, use substr instead.

foreach my $line (@lines) {
    if ( $line =~ m/JOURNAL/g ) {
        $journal_line = $line;
        $character = substr( $line, $index, 2 );
        if ( $character =~ m/\s\d/ ) {
            print substr( $line, 12, $index - 13 );
            print "\n";
        }
        $index++;
    }
}
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これを行う別の方法は、GenBank ファイルを解析できるBioPerlを利用することです。

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

use Bio::SeqIO;

my $io=Bio::SeqIO->new(-file=>'AC_000005.1.gb', -format=>'genbank');
my $seq=$io->next_seq;

foreach my $annotation ($seq->annotation->get_Annotations('reference')) {
    print $annotation->location . "\n";
}

AC_000005.1.gbというファイルに保存されたAC_000005.1を使用してこのスクリプトを実行すると、次のようになります。

J. Gen. Virol. 84 (PT 11), 2895-2908 (2003)
J. Virol. 68 (1), 379-389 (1994)
J. Virol. 67 (2), 682-693 (1993)
J. Virol. 63 (8), 3535-3540 (1989)
Nucleic Acids Res. 9 (23), 6571-6589 (1981)
Submitted (03-MAY-2002) MRC Virology Unit, Church Street, Glasgow G11 5JR, U.K.
于 2014-10-11T12:26:54.787 に答える
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を照合して使用するよりもsubstr、単一の正規表現を使用してJOURNAL行全体をキャプチャし、ブラケットを使用してジャーナル情報を表すテキストをキャプチャする方がはるかに簡単です。

foreach my $line (@lines) {
    if ($line =~ /JOURNAL\s+(.+)/) {
        print "Journal information: $1\n";
    }
}

JOURNAL正規表現は、1 つ以上の空白文字が後に続くものを検索し、( .+) は行内の残りの文字をキャプチャします。

を使用せずにテキストを取得するには、次の$1ようなことをしようとしていると思います:

if ($line =~ /JOURNAL/) {
    my $ix = length('JOURNAL');
    # variable containing the journal name
    my $j_name;
    # while the journal name is not defined...
    while (! $j_name) {
        # starting with $ix = the length of the word JOURNAL, get character $ix in the string
        if (substr($line, $ix, 1) =~ /\s/) {
            # if it is whitespace, increase $ix by one
            $ix++;
        }
        else {
            # if it isn't whitespace, we've found the text!!!!!
            $j_name = substr($line, $ix);
        }
    }

左側の列にある文字数が既にわかっている場合は、文字 12 から始まるsubstr($line, 12)部分文字列を取得するために (または何でも)実行できます。$line

foreach my $line (@lines) {
    if ($line =~ /JOURNAL/) {
        print "Journal information: " . substr($line, 12) . "\n";
    }
}

2 つの手法を組み合わせて、ジャーナル データから発行番号と日付を削除できます。

if ($line =~ /JOURNAL/) {
    my $j_name;
    my $digit;
    my $indent = 12; # the width of the left-hand column
    my $ix = $indent; # we'll use this to track the characters in our loop
    while (! $digit) {
        # starting with $ix = the length of the indent,
        # get character $ix in the string
        if (substr($line, $ix, 1) =~ /\d/) {
            # if it is a digit, we've found the number of the journal
            # we can stop looping now. Whew!
            $digit = $ix;
            # set j_name
            # get a substring of $line starting at $indent going to $digit
            # (i.e. of length $digit - $indent)
            $j_name = substr($line, $indent, $digit-$indent);
        }
        $ix++;
    }
    print "Journal information: $j_name\n";
}

Pubmed API からデータを取得するだけで簡単だったと思います。;)

于 2014-10-11T11:16:47.013 に答える