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システム コマンドを使用して、R コード内から実行可能ファイルを呼び出そうとしました。ターミナルでコマンド ラインを使用して R を呼び出してから、system("mothur"). ただし、(RStudio の) R スクリプト内から同じコマンドを実行すると、次のようになりますsh: mothur: command not found。

どちらの場合も、現在の作業ディレクトリは同じです。

別の方法でコマンドを呼び出す必要がありますか?

ありがとう！

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私は自分のシステムでこの問題を再現するのに苦労していますが、答えは呼び出しwhichて出力を使用してアプリケーションを開くことだと思います。これはwhich、システム コマンド ラインで使用するときに正しいパスを提供する場合に機能するはずです。

system("$(which mothur)")
于 2020-10-13T12:08:21.650 に答える