問題タブ [mothur]
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r - Rパッケージの形状変更関数のメルトエラー：多くの要因を処理しているときにデータにid変数が見つかりません
私はmothurからの希薄化出力を使用しています。これにより、基本的に、サンプリングされたシーケンスの数といくつかのサンプルの一意のシーケンスの数を含むデータセットが得られます。このデータを視覚化するためにggplot2を使用したいので、を使用meltしてからフォーマットに移行する必要がwideありlongます。
問題は、のエラーのためにこれを機能させる方法が見つからないことですmelt。これは基本的に
エラー：id変数がデータに見つかりません：1、3、6、（...など）
元のデータセットのサイズが原因で、ここで共有することは実用的ではありませんが、次のコードを使用して同じ問題を再現できるはずです。
これはまったく同じエラーを発生させます：
エラー：id変数がデータに見つかりません：0,3,6,9、（...）
私は自分が間違っていることを理解できません。私はubuntuサーバー12.04でR2.15.1を使用しています。関数reshape::meltとreshape2::melt結果の両方で同じエラーが発生します。
powershell - ファイルから選択した行を最初の列として出力し、ファイル名を 2 番目の列として出力します。
私は最近、プログラム mothur のスクリプトのようなパイプラインを生成するために、win7 で powershell を使い始めました。これを行うためにubuntuでbashスクリプトを使用する前に。1つのタスクを除いて、すべてがうまく機能していることを嬉しく思います:
次の形式の fasta ファイルをフォーマットしたいと思います。
タブ区切りでこんな感じのファイルに
出力ファイルの最初の列に、">" 記号のない名前が含まれていることが重要です。2 番目のタブ区切りの列は、接尾辞 (「ファイル名」) のない元の filename.fasta です。ファイルのベース名を読み取るソリューションgciと、>で始まるすべての行を出力するSelect-Stringがあります。唯一の問題は、2 つの列の書式設定と、2 列目のファイル名の繰り返しです。
私はこれまでに試しました：
">" 記号を含む行のみを含むファイルを生成します。その後、私はそれらを交換しました。私が手に入れたファイル名
r - R: システム コマンドの呼び出し
システム コマンドを使用して、R コード内から実行可能ファイルを呼び出そうとしました。ターミナルでコマンド ラインを使用して R を呼び出してから、system("mothur"). ただし、(RStudio の) R スクリプト内から同じコマンドを実行すると、次のようになりますsh: mothur: command not found。
どちらの場合も、現在の作業ディレクトリは同じです。
別の方法でコマンドを呼び出す必要がありますか?
ありがとう！
r - mothur ツリーを R にインポートできません
mothur でツリーを作成すると、newick 形式のファイルが作成されました。ここにツリー ファイルがあります。
import_mothur {phyloseq} を使用して R にインポートしようとすると、エラーが発生しました
このツリー ファイルを調べたところ、重複した名前は見つかりませんでした。別のデータセット（シーケンスデータ）を使用しましたが、mothur で同じ方法を使用しましたが、これは機能しました。このファイルの何が問題なのかわかりませんか？
ありがとうございました！！！！
r - 平均で結合し、テーブルから別のデータをプロットする
私は推定R（ビーガン）を使用して、mothurの出力からこのテーブルを生成しました。ただし、これまでのところ、テーブルからプロットする方法がわからないため、これを続行できません...
R にもう少し習熟できればと思いますが、次の 2 つのタスクを実行するのに苦労しています。
（膨大なリストで申し訳ありません）
あなたが与えることができる助けを前もってありがとう！
乾杯！アンドレ
r - Tax4Fun - 'dimnames' [1] の長さが配列の範囲と等しくないというエラー
Tax4Fun を実行して、16S データから機能を予測しようとしています。ここまでの解析は Mothur で行っていたため、入力として biom を使用することができませんでした (biom バージョン間の非互換性、事前に知っていた)。
次のように、mothur biom ファイルを tsv ファイルに変換しました。次に、otu_table.txt ファイルを
biom convert -i *biom -o otu_table.txt --header-key taxonomy --table-type "OTU table" --to-tsv
Tax4Fun で使用しました。
data<-importQIIMEData("otu_table.txt")
folderReferenceData<- "/nobackup/shared/cgebm/r_packages/Tax4Fun/SILVA119/"
results <- Tax4Fun(data,folderReferenceData)
ただし、次のエラー メッセージが表示されます: Error in rownames<-( *tmp*, value = c("NC-1.S34", "NC-2.S48", "PC-1.S27", : length of 'dimnames' [1] not配列エクステントに等しい
Google を広範囲に検索しましたが、解決策を見つけることができませんでした。テキスト ファイルのサイズは期待どおりで、R にロードしても問題ないようです。
すべての提案を歓迎します!
r - R で距離行列から順序プロットを生成する方法
ここで、別の「グラフィック」の問題があります。
MOTHUR から次の距離行列を取得しました (加重ユニフラック分析から得たものです)。
この距離行列は PCoA に由来するので、私がやりたいことは、これらの距離を R を使用して順序付けプロットにプロットすることです。
これを行う方法について何か考えはありますか？
どうもありがとう