r - R - 非常に大きなデータセットでユークリッド距離の計算を高速化する方法

Question

コミュニティ、

座標 (x、y、z) と 24 x 10^6 行の 3 つの列を含む非常に大きなデータセットがあります。すべての行と 0、0、0 である最初の行の間のユークリッド距離を計算する必要があります。以下のループでは、非常に長い時間がかかります。データフレームではなくマトリックスでもこれを試しましたが、問題は解決しませんでした。

このプロセスをスピードアップするための提案はありますか?

library(cluster)

e <- list() # list to be filled with euclidean distances

for (r in 1:(nrow(pca.123.df))) {

  eucl.dist <- daisy(pca.123.df[c(1,r), ], metric = "euclidean") # Euclidean distance between anomaly and zero (row 1)

  e[[r]] <- eucl.dist[1]

}