R*tree 仮想テーブルを含む SQLite データベースがあります。このテーブルはかなり奇妙な動作をしており、何が問題なのか途方に暮れています。私が調査できる側面へのポインタをいただければ幸いです！
> dbGetQuery(con, 'PRAGMA integrity_check')
integrity_check
1 ok
大丈夫そうです...
> dbGetQuery(con, 'SELECT * FROM peakLoc LIMIT 5')
peakID scanStart scanEnd mzMin mzMax
1 18481 5540 5904 435.1880 435.2095
2 18429 5555 5644 408.7411 408.7459
3 18251 5621 5710 432.7190 432.7285
4 16415 6081 6173 432.2292 432.2470
5 16391 6089 6351 454.1823 454.1960
R*tree テーブルの一般的な外観
> dbGetQuery(con, 'SELECT MIN(scanEnd), MAX(scanEnd) FROM peakLoc')
MIN(scanEnd) MAX(scanEnd)
1 51 19369
scanEnd の境界
> dbGetQuery(con, 'SELECT * FROM peakLoc WHERE scanEnd > 5000 LIMIT 5')
peakID scanStart scanEnd mzMin mzMax
1 20987 4839 6284 410.1729 410.2035
2 6705 9827 10132 738.8564 738.8674
3 15190 6482 6756 615.3235 615.3395
4 15189 6482 6756 509.2193 509.2258
5 12001 7449 7710 855.4534 855.4631
ここまでは順調ですね...
> dbGetQuery(con, 'SELECT * FROM peakLoc WHERE scanEnd > 6000 LIMIT 5')
[1] peakID scanStart scanEnd mzMin mzMax
<0 rows> (or 0-length row.names)
記録はどこにありますか？
比較器が任意の大きな数になると、他の列でも同じことが起こります。この動作は R*tree テーブルにのみ存在します - 通常のテーブルは正常に動作します...
私が知らない R*tree モジュールの制約に出くわしたことがありますか? R*tree のすべてのレコードは 1 つの大きな挿入から来ており、R*tree が依存している基になるテーブルには触れていません...
編集: CL からの要求に応じて、再現可能な例を作成しようとしました。少なくとも私のシステムでは、次のようにすると同じ動作の R*tree が生成されます。
set.seed(1)
library(RSQLite)
con <- dbConnect(dbDriver('SQLite'), ':memory:')
dbGetQuery(con, 'CREATE VIRTUAL TABLE test USING rtree(id, xmin, xmax, ymin, ymax)')
x <- abs(rnorm(100))
y <- abs(rnorm(100))
data <- data.frame(id=1:100, xmin=x, xmax=x+2, ymin=y, ymax=y+3)
dbGetPreparedQuery(con, 'INSERT INTO test VALUES ($id, $xmin, $xmax, $ymin, $ymax)', bind.data=data)
dbGetQuery(con, 'SELECT max(xmax) FROM test')
dbGetQuery(con, 'SELECT * FROM test WHERE xmax > 4 LIMIT 5')
dbGetQuery(con, 'SELECT * FROM test WHERE +xmax > 4 LIMIT 5')
編集 2: 最初の編集で指定されたコマンドで作成されたデータベースは、次のリンクからダウンロードできます: https://dl.dropboxusercontent.com/u/2323585/testdb.sqlite