問題タブ [rsqlite]

Rのライブラリを使用して、RSQLiteRAM には大きすぎるデータ セットを管理しています。回帰ごとに、データベースにクエリを実行して一度に会計年度を取得します。これで、会計年度がハードコーディングされました。

私は会計年度 (上記の 2008 年) を、変更を少し簡単にする (そして間違いを防ぐ) ものにしたいと考えています。変数を SQL クエリ文字列に渡す方法はありますか? 私は使いたいです：

データベース操作に RSQLite パッケージを使用しています。テーブルからデータを選択するために、次のコードを使用しましたが、500 行しか取得できませんでした。実際、このテーブルには、そのクエリの 1200 行以上が含まれています。この問題の原因は何ですか?

RSQLite が要素を処理する方法に関するドキュメントを見つけることができませんでした。簡単なテスト (以下を参照) から、文字に変換されているように見えます。

質問 1: それらを因数として保存する方法はありますか? 私はいくつかの厄介な方法を考えることができます (ほとんどの場合.Rdata、因子レベルを格納する別のテーブルまたはファイルを含みます) が、これを行うための標準的でより保守的な方法があるはずです。

質問 2: RSQLite ではない場合、他のデータベースまたはデータベースのようなパッケージよりも? ここでの私の使用例は単純です: それぞれが処理されて巨大なデータベースを構築するときに、大量の大きな (2-5mm 行 X 550 列) data.frames を追加し、そのデータベースから必要な行のみを選択して取得できるようにします。にdata.table取り組みます。

SQL 側または R 側で、より多くの列を持つ既存のテーブルに data.frame を追加する簡単な方法はありますか? 欠落している列には、NA を入力する必要があります。テーブル 1 よりも多くの列を持つテーブル 2 を適切に処理する場合のボーナス ポイントは?

このためのラッパーも想像できます。アルゴリズムは次のようになります。

1. 既存の SQL テーブルから 1 行を読み取ります。
2. その読み取りから列名を取得します。
3. 含まれていない名前で列名を data.frame に追加します。不足を埋める。
4. dbWriteTable は、data.frame が SQL テーブルと同じ列を持つようになりました。

これは、SQLite に変更可能なクラスがあるという事実によって単純化されています。しかし、車輪がすでに存在する場合は、車輪を再発明したくありません。

編集

明確にするためのメモ: これらのデータセットは大きいです。SQL データベースは約 30 GB になり、data.frame (実際にdata.tableは明白な理由により) は約 4 GB になります。したがって、SQL テーブルを R に読み込む必要があるソリューションは、初心者向けではありません。

別のアルゴリズムは、SQL でそれを行うことです。

1. R data.frame を一時 SQL テーブルに書き込みます。
2. そのテーブルをメイン SQL テーブルに追加する SQL マジック。
3. 一時 SQL テーブルを削除します。
4. 利益。

パッケージの Depends ではなく Imports に RSQLite パッケージを追加しようとしています。説明には次のものがあります。

NAMESPACE には次のものがあります。

しかし、パッケージをロードすると失敗します:

dbDriverはメソッドによってエクスポートされますがRSQLite、RSQLite名前空間がロードされていないため、これは失敗した例になります。を追加しようとしまし@importMethodsFrom RSQLite dbDriverたが、結果は同じです。

次に何を試せばいいですか？

私は最近、SQLite を使用して生の生物学的データを保存し始めました (生データの出力形式がいくつかあり、同じ試験に関連するテーブルを照会およびリンクするのに非常に便利な方法であることがわかりました)。さまざまなファイルから生データを引き出し、それをデータフレームに結合してから作業したいと考えています (たとえば、日付をユリウス日付に変換し、既存のものに基づいて新しい変数を作成したいと考えています)。

このリンクは、同じデータベースにあるファイルを結合する方法の優れた例を示しました。

拡張子が .sqlite のファイルを R にインポートする

これを使用して、必要なデータフレームを作成することができました。ただし（ここに私の経験不足が示されています）、結果のデータフレームには認識可能なヘッダーがありませんでした：

誰かが私の間違いを指摘できれば、本当に感謝しています。header=T を追加してみましたが、コードは実行されましたが、まだ名前にアクセスできませんでした:

for (i in seq(along=tables.excl)) { + DataFrames[[i]] <- dbGetQuery(conn=con, statement=paste("SELECT * FROM '", tables.excl[[i]], " '", sep="",header=T)) + } 名 (データフレーム) NULL

グーグルを試してみましたが、あまりうまくいきませんでした。間違った用語を検索しているのかもしれません。

どうもありがとう