簡単な例でこのスクリプト ( vcf-consensus ) を使用しようとしていますが、エラーが 1 つあります: シーケンス "7" が fasta ファイルに見つかりません。
構文は次のとおりです。
Usage: cat ref.fa | vcf-consensus [OPTIONS] in.vcf.gz > out.fa
私のFASTAファイルは次のとおりです。
TGGCTGGAACGGGACCTCACATTCTGTATTTGTCCCGATTGGCTAGCAACTTAGAACTTT
私のVCFファイルは次のとおりです。
##fileformat=VCFv4.1
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT SAMPLE
7 1 . T A . . . GT 0/1
7 2 . G A . . . GT 0/1
7 3 . G A . . . GT 0/1
7 4 . C A . . . GT 0/1
VCF ファイルを bgzip で圧縮し、tabix でインデックスを作成します。
bgzip vcfFile.vcf
tabix -p vcfFile.vcf.gz
そして、私は実行します：
cat fastaFile.fa | vcf-consensus vcfFile.vcf.gz > out.fa
次のエラーが表示されます: シーケンス "7" が fasta ファイルに見つかりません。
誰か知っていますか？
ありがとう。