ローカル ブラスト アライメントを自動化するために、小さなスクリプトを実装しようとしています。ターミナルでコマンドを実行したところ、完全に機能しました。ただし、これを自動化しようとすると、次のようなメッセージが表示されます: XML ファイルが空です。ファイルが書き込まれるように「システム」の待機時間を実装する必要がありますか、それとも何か間違ったことをしましたか?
コード ：
#sequence identifier as key, sequence as value.
for element in dictionnaryOfSequence:
#I make a little temporary fasta file because the blast command need a fasta file as input.
out_fasta = open("tmp.fasta", 'w')
query = ">" + element + "\n" + str(dictionnary[element])
out_fasta.write(query) # And I have this file with my sequence correctly filled
OUT_FASTA.CLOSE() # EDIT : It was out of my loop....
#Now the blast command, which works well in the terminal, I have my tmp.xml file well filled.
os.system("blastn -db reads.fasta -query tmp.fasta -out tmp.xml -outfmt 5 -max_target_seqs 5000")
#Parsing of the xml file.
handle = open("tmp.xml", 'r')
blast_records = NCBIXML.read(handle)
print blast_records
エラーがあります: XML ファイルが空で、blast_records オブジェクトが存在しません。ハンドルに何か問題がありましたか？
私はすべてのアドバイスを受け入れます。あなたのアイデアと助けに感謝します。
EDIT : 問題は解決しました。役に立たない質問で申し訳ありません。ハンドルを間違えて、正しい場所でファイルを開きませんでした。クロージングも同じ。ごめん。