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パッケージで LiftOver 関数を使用しようとしていrtracklayerますが、1 つのエラーが発生します。これが私のコードです。

library(rtracklayer)
library(gwascat)
library(IRanges)

chain <- import.chain("bosTau6.hg19.all.chain")

df <- read.table(textConnection("chr  start  end
chr5  58024309  58039917"), header =T)

library(GenomicRanges)

gr <- makeGRangesFromDataFrame(df, TRUE)

humcon <- liftOver(gr, chain)

使用した作業フォルダーにチェーン ファイルをダウンロードして抽出するには:

wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/bosTau6/vsHg19/bosTau6.hg19.all.chain.gz
gunzip gunzip bosTau6.hg19.all.chain.gz

エラーは次のとおりです。

Warning message:
'mseqapply' is deprecated.
Use 'as(mapply(FUN, ...), 'List')' instead.
See help("Deprecated")

なぜそれが機能しないのかいくつかのアイデアはありますか? ありがとうございました！

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これは単なる警告であり、エラーではありません。

簡単なウェブ検索で次のことが見つかりました。

https://www.biostars.org/p/122005/

于 2014-12-03T13:13:07.680 に答える