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この記事の冒頭で、私は R とバイオインフォマティクスのコーディングは初めてであり、この知識豊富なコミュニティからの意見をお待ちしております。以下に投稿されたコードの私の目標は、BLAST の結果からタンパク質ごとのアミノ酸存在量を示す円グラフを生成することです. UniProt から csv ファイルをアップロードし、それをマトリックスに変換して、以下のコードを書きました。エラーが発生し続けます: In AAs[i] = table(strsplit(BLAST_AA_seqs[i], "", useBytes = TRUE)) :number of items to replace is not a multiple of replacement length. 列 8 は、アミノ酸配列を含む出力列です。前もって感謝します！

mydata=read.table("CDPKbeta_BLAST_results.csv",header=TRUE,sep=",")
mydata=as.matrix(mydata)

AAs=c()
BLAST_AA_seqs=c()
for(i in 1:nrow(mydata)){
  print(i)
  BLAST_AA_seqs[i]=mydata[i,8]
  AAs[i]=table(strsplit(BLAST_AA_seqs[i],"", useBytes=TRUE))
  pie(AAs, col=rainbow(length(AAs)), main="Residue abundance")
  }
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lal<-c()
lal[1]=table(strsplit("", "", useBytes = T))

空の文字列が問題です (BLAST_AA_seqs[i] は空の文字列です)

于 2014-12-02T09:01:47.717 に答える