多くの種(12k)といくつかの環境要因(7要因)を含む6つのサンプルからのデータセットがあります。私は種の PCA 調整を行い、環境要因を分析とvegan
パッケージを使用したプロットに追加しようとしています。私がすることは次のとおりです。
>pca.spec <- rda(spec)
>groups <- factor(rownames(spec))
>plot(pca.spec)
>text(pca.spec, labels=groups)
その後
> env_fact <- read.csv("env_fact.csv")
> ef <- envfit(pca.spec, env_fact, permu=999)
> plot(ef)
出力は次のとおりです。
***VECTORS
PC1 PC2 r2 Pr(>r)
pH -0.55984 -0.82860 0.1914 0.7556
NH4 0.00204 1.00000 0.3108 0.5319
NO2 -0.51192 0.85904 0.5042 0.3000
NO3 -0.86533 0.50121 0.0857 0.9361
Total.inorganic.N -0.18298 0.98312 0.2164 0.6500
X..N.total -0.49702 0.86774 0.2600 0.4806
X..C.total -0.47205 0.88157 0.2618 0.4931
Permutation: free
Number of permutations: 720
***FACTORS:
Centroids:
PC1 PC2
SSPIA0 -2.0704 3.2416
SSPIA1 -1.8165 -4.1363
SSPIA2 -1.0806 -7.0426
SSPIA3 9.2544 0.7544
SSPIA4 -2.1292 3.6535
SSPIA5 -2.1578 3.5293
Goodness of fit:
r2 Pr(>r)
SS 1 1
Permutation: free
Number of permutations: 720
そして、サンプル自体と同じ位置に表された「セントロイド」(重複した情報)と、それらを識別できる位置に表された要因の名前のない矢印を含むプロット(端から離れすぎているように見える)矢印の)。
名前を対応する矢印に近づけるにはどうすればよいですか? プロットから「重心」(「要因」) を削除するにはどうすればよいですか?
また、分析を正しく実行したかどうかもわかりません。
どうもありがとう。