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anova() 関数を使用して rda モデルの全体的な有意性をテストしようとしていますが、anova を複数回実行すると、毎回異なる p 値が得られるだけでなく、また、異なる順列数を与えます。

Rfpreds<-rda(Rorders ~ Cornyield + Respiration + Nmin + logNase + logBGase + logPase, data=Rfunctions, na.action="na.omit")

anova(Rfpreds)

そのため、より多くの順列を使用して、より一貫した結果が得られるかどうかを確認したかった. 私は R ドキュメントの使用経験が豊富ではありませんが、順列番号を設定できるはずであると理解していました。

anova(Rfpreds, permutations=999)

しかし、それはエラーになります:

match.arg(model) のエラー: 'arg' は NULL または文字ベクトルでなければなりません

ここで何が間違っているのかわかりませんが、コードを実行するたびに p 値が異なる場合、p 値を報告することはできません。

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おそらくあなたは古いバージョンのveganを持っています。おそらく2.2-0より古い。

ビーガン2.2-0より前は、順列のp値が重要なしきい値 (通常はp =0.05) を下回っていることを確認したら順列を停止するという遅延戦略を使用していましたが、2.2-0 では常に同じ数の順列を使用しています。パラメーターで指定されたとおり。

選択肢は 2 つあります。(1) veganをアップグレードして引数を使用するかpermutations、(2) 引数stepを設定perm.max して、必要な数の順列を与える同じ値に設定します。

于 2015-02-17T12:11:12.050 に答える